前言

本文是前沿快讯的第17期。前沿快讯栏目主要收集一些个人感兴趣的近期发表的研究，关注领域包括肿瘤的分子生物学、临床研究、流行病学等，文献类型主要是期刊论文和综述。研究介绍在Google机翻摘要的基础上进行微调，可能不一定特别准确、专业，主要目的是方便自己和大家快速了解和回顾相关领域研究进展。如果你对某个研究的细节感兴趣，请自行寻找全文进一步了解。此外，研究根据子领域会进一步细分，不过交叉领域的研究不好分为某一类，所以这个分类主要用于初级索引，并不十分准确，不喜勿喷。最后，大家看到什么特别的研究，也可以在评论区向我推荐，我会酌情收录在后面的期刊中。如无意外，前沿快讯栏目会长期更新，周期为2周-1月不等。从第5期开始，前沿快讯会新增一个CNS类，用来记录一些发表在Nature, Science或Cell杂志上的研究。从第17期开始，“肿瘤转移”大类将不再更新，而是合并至其它分类。

CNS类

肺肿瘤免疫微环境的单细胞空间景观

Single-cell spatial landscapes of the lung tumour immune microenvironment. Nature. full html

加拿大魁北克蒙特利尔麦吉尔大学医学院生理学系、Rosalind-Morris Goodman癌症研究所的团队。要素齐全的一篇文章。

• 单细胞技术以无与伦比的分辨率揭示了肿瘤免疫微环境的复杂性。大多数临床策略依赖于肿瘤亚型的组织病理学分层，但对这些分层亚组中单细胞表型的空间背景知之甚少。
• 在这里，我们应用成像质谱流式细胞术来表征来自 416 名肺腺癌患者的样本的肿瘤和免疫学特征，跨越五种组织学模式。我们解析了超过 160 万个细胞，从而能够对免疫谱系和具有不同临床相关性（包括存活率）的激活状态进行空间分析。
• 使用深度学习，我们可以使用单个 1-mm2 肿瘤核心高精度预测手术后进展的患者，这可以为手术切除后的临床管理提供信息。
• 我们的数据集代表了非小细胞肺癌研究界的宝贵资源，并举例说明了空间分辨率在单细胞分析中的效用。这项研究还强调了人工智能如何提高我们对构成癌症进展基础的微环境特征的理解，并可能影响未来的临床实践。

SARS-CoV-2 复制酶选择底物的结构基础

Structural basis for substrate selection by the SARS-CoV-2 replicase. Nature

• SARS-CoV-2 RNA 依赖性 RNA 聚合酶协调病毒 RNA 合成，作为称为复制-转录复合物 (RTC)的组件的一部分。因此，RTC 是临床批准的抗病毒核苷类似物（包括瑞德西韦）的靶标。 RTC 忠实地合成病毒 RNA 需要识别正确的三磷酸核苷酸 (NTP) 以掺入新生 RNA。要成为有效的抑制剂，抗病毒核苷类似物必须与天然 NTP 竞争掺入。 SARS-CoV-2 RTC 如何区分天然 NTP，以及抗病毒核苷类似物如何竞争，尚未详细了解。
• 在这里，我们使用低温电子显微镜来观察 RTC 绑定到准备合并的状态中的每个天然 NTP。此外，我们研究了具有瑞德西韦活性代谢物瑞德西韦三磷酸 (RDV-TP) 的 RTC，强调了 RDV-TP 相对于其天然对应物三磷酸腺苷选择性掺入的结构基础。我们的结果解释了 NTP 识别所需的一系列相互作用，为抗病毒药物的合理设计提供了信息。
• 我们的分析还深入了解了 nsp12 NiRAN（nidovirus RdRp 相关核苷酸转移酶）的核苷酸识别，这是一个对病毒传播至关重要的神秘催化域。 NiRAN 选择性地结合三磷酸鸟苷，加强了该结构域在 5′ RNA cap6 形成中的作用。

原发性和转移性脑肿瘤的单细胞空间免疫景观

Single-cell spatial immune landscapes of primary and metastatic brain tumours. Nature. full html

要好好看全文，特别是methods。这种技术真不错！

• 单细胞技术已经能够以前所未有的深度表征肿瘤微环境，并揭示了肿瘤细胞及其生态位之间的巨大细胞多样性。抗肿瘤免疫依赖于肿瘤微环境中的细胞间关系，但许多单细胞研究缺乏空间背景并依赖于分离的组织。
• 在这里，我们应用成像质谱流式细胞术来表征患者的 139 例高级别神经胶质瘤和 46 例脑转移肿瘤的免疫学特征。对 389 张高维组织病理学图像中超过 110 万个细胞的单细胞分析实现了免疫谱系和激活状态的空间分辨率，揭示了原发性肿瘤和来自不同实体癌的脑转移之间的免疫景观差异。
• 这些分析揭示了与胶质母细胞瘤患者的生存相关的细胞邻域，我们利用它来识别与长期生存相关的独特的髓过氧化物酶 (MPO) 阳性巨噬细胞群。
• 我们的研究结果提供了对原发性和转移性脑肿瘤生物学的深入了解，增强了将空间分辨率整合到单细胞数据集以剖析癌症微环境背景的价值。

原发性实体瘤的低TCA通量和ATP生成

Slow TCA flux and ATP production in primary solid tumours but not metastases | Nature. Nature

• 组织从两个途径获得 ATP——糖酵解和与电子传输链耦合的三羧酸 (TCA) 循环。哺乳动物的大部分能量是通过 TCA 代谢产生的 。然而，在肿瘤中，这些途径的绝对比率仍不清楚。
• 在这里，我们优化示踪剂输注方法来测量健康小鼠组织、Kras 突变实体瘤、转移瘤和白血病中的糖酵解速率和 TCA 循环。然后，根据这两条途径的速率，我们计算总 ATP 合成速率。
• 我们发现，与原发性原位肿瘤相比，TCA 循环通量在所检查的所有五种原发性实体瘤模型中均受到抑制，并且在乳腺癌肺转移中有所增加。正如预期的那样，与健康组织相比，肿瘤中的糖酵解通量增加（Warburg 效应），但这种增加不足以补偿 ATP 产生方面的低 TCA 通量。因此，实体瘤并非像通常假设的那样代谢亢进，而是通常以比正常速度慢的速度产生 ATP。
• 在小鼠胰腺癌中，这是通过蛋白质合成的下调来调节的，蛋白质合成是该组织的主要能量消耗之一。
• 我们提出，随着实体瘤的发展，癌细胞会摆脱能量昂贵的组织特异性功能，尽管产生 ATP 的能力有限，但仍能实现不受控制的生长。

降低亲和力作为增强免疫调节抗体激动作用的策略

Reducing affinity as a strategy to boost immunomodulatory antibody agonism. Nature

令人意外的发现。英国南安普敦南安普顿大学生命科学研究所、英国南安普顿南安普顿大学医学院癌症科学学院癌症免疫学中心抗体和疫苗组的Mark S. Cragg团队

• 感染和疫苗接种期间的抗体反应通常会经历亲和力成熟，以实现高亲和力结合，从而有效中和病原体。同样，高亲和力通常是治疗性抗体生成的目标。然而，与天然存在或直接靶向治疗性抗体相比，旨在调节受体信号传导的免疫调节抗体尚未对其亲和力-功能关系进行广泛研究。
• 在这里，我们检查了跨越两个受体超家族的三个独立的重要免疫受体：CD40、4-1BB 和 PD-1。我们表明，低而不是高亲和力通过增加聚类提供更大的活动。在 CD40 的情况下，这种方法提供了更高的免疫细胞活化、体内 T 细胞扩增和抗肿瘤活性。
• 此外，惰性抗 4-1BB 单克隆抗体被转化为激动剂。临床上重要的拮抗性抗 PD-1 单克隆抗体 nivolumab 的低亲和力变体也介导了更有效的信号传导并影响了 T 细胞活化。
• 这些发现揭示了增强不同受体家族激动作用的新范例，并阐明了抗体介导的受体信号传导机制。这种亲和工程提供了一种合理、有效和高度可调的解决方案，可以在适合转化为治疗人类疾病的一系列效力范围内传递抗体介导的受体活性。

Cap2是mRNA的年龄标记物

mRNA ageing shapes the Cap2 methylome in mammalian mRNA. Nature

• mRNA帽结构是动态mRNA甲基化的主要位点。 mRNA 帽以 Cap1 或 Cap2 形式存在，具体取决于第一个转录核苷酸或第一个和第二个转录核苷酸上是否分别存在 2′-O-甲基化。然而，含 Cap2 的 mRNA 的身份和 Cap2 的功能尚不清楚。
• 在这里，我们描述了 CLAM-Cap-seq，这是一种用于 Cap2 的转录组范围映射和量化的方法。我们发现与其他表观转录组修饰不同，Cap2 可以发生在所有 mRNA 上。 Cap2 是通过随着 mRNA 在胞质溶胶中老化而从 Cap1 缓慢连续转化为 Cap2 形成的。因此，Cap2 在长寿 mRNA 上富集。
• Cap1 丰度的大幅增加会导致 RIG-I 的激活，尤其是在 RIG-I 表达增加的情况下。 Cap1 甲基化为 Cap2 显着降低了 RNA 结合和激活 RIG-I 的能力。 Cap2 的缓慢甲基化速率允许 Cap2 在宿主 mRNA 上积累，但确保低水平的 Cap2 出现在新表达的病毒 RNA 上。
• 总的来说，这些结果揭示了 Cap1 的免疫刺激作用，而 Cap2 的作用是减少先天免疫反应的激活。

生物分子分析促进对古埃及防腐的认知

Biomolecular analyses enable new insights into ancient Egyptian embalming. Nature

• 古埃及人通过防腐来保存人体的能力不仅自古以来就让人们着迷，而且也一直提出这样一个问题：这种杰出的化学和仪式过程是如何实际实现的。
• 在这里，我们整合了考古学、语言学和有机残留物分析，为古埃及防腐的实践和经济提供了新的视角。我们分析了从 Saqqara 的第 26 王朝防腐车间回收的 31 个陶瓷器皿的有机成分。这些容器根据其内容和/或用途进行标记，使我们能够将有机物质与其埃及名称和特定的防腐做法联系起来。我们使用气相色谱-质谱分析确定了用于防腐头部和处理包裹物的芳香油或防腐油、焦油和树脂的特定混合物。
• 我们对 Saqqara 工作室的研究将解释从强调墓主的社会经济地位的微观分析扩展到对社会的宏观解释。对非本地有机物质的鉴定使贸易网络得以重建，该网络为古埃及防腐师提供了制作木乃伊所需的物质。这种对外国产品的广泛需求促进了地中海地区（例如，黄连木和针叶树副产品）以及与热带森林地区（例如，达玛和榄香）的贸易。
• 此外，我们表明在 Saqqara，antiu 和 sefet——在古代文献中广为人知，通常被翻译为“没药”或“香”和“圣油”——指的是针叶树油——或-分别以焦油为基础的混合物和含有植物添加剂的药膏。

年龄性别相关的基因表达节律

Sex-dimorphic and age-dependent organization of 24-hour gene expression rhythms in humans. Science

看看methods关于GTEx的部分

• 生物钟调节人体生理机能。然而，组织特异性基因表达节律的组织以及这些节律如何依赖于年龄和性别在人类中没有定义。
• 我们将来自基因型组织表达 (GTEx) 项目的数据与一种算法相结合，该算法通过整合来自每个个体多个组织的时间信息，将昼夜节律阶段分配给 914 名捐助者，以识别 46 种组织中的信使 RNA (mRNA) 节律。
• 时钟转录本显示出保守的时间关系和全身的紧密同步。 mRNA 节律的广度各不相同，涵盖了全局和组织特异性功能，包括代谢途径和全身反应。时钟结构在性别和年龄组中是保守的。
• 然而，总体基因表达节律是高度性别二态的，并且在女性中更持久。节奏程序通常随着年龄的增长而减弱。

抑制对视觉皮层的反馈信号会消除注意力调节

Suppressing feedback signals to visual cortex abolishes attentional modulation. Science

看不太懂 (ฅ´ω`ฅ)

• 注意力通过增强感觉信息的神经编码来改善感知。一个长期存在的假设是皮质反馈投射携带自上而下的信号来影响感觉编码。然而，这一假设从未经过检验以建立因果关系。
• 我们使用病毒工具来标记来自针对早期视觉皮层（区域 V1）的皮质区域 V4 的反馈连接。当猴子执行视觉空间注意任务时，在不改变局部皮质内和前馈输入的情况下使 V1 中的反馈轴突末端失活会降低单个细胞的响应增益，并损害神经群体编码外部刺激的准确性。这些影响主要表现在 V1 的表层，并传播到下游区域 V4。
• 注意力通过以层依赖的方式特别改变皮质反馈的强度来增强跨视觉皮质的感觉编码。

应激颗粒通路与Charcot-Marie-Tooth 2 型神经疾病

Diverse CMT2 neuropathies are linked to aberrant G3BP interactions in stress granules. Cell

大大促进了CMT2神经疾病的机制研究并更新其机制研究的范式。挺有趣的发现！关键研究者似乎全是中国人

• 复杂疾病通常涉及遗传和环境因素之间的相互作用。 Charcot-Marie-Tooth 2 型神经病 (CMT2) 是一组遗传异质性疾病，其中相似的周围神经病理是由各种突变基因莫名其妙地引起的。它们可能的分子联系仍然难以捉摸。
• 在这里，我们发现在环境压力下，许多引起 CMT2 的突变蛋白通过进入应激颗粒 (SG) 具有相似的特性，在那里它们与 G3BP 异常相互作用并整合到 SG 通路中。例如，甘氨酰-tRNA 合成酶 (GlyRS) 在应激时从细胞质转移到 SGs，其中突变体 GlyRS 通过异常结合 G3BP 扰乱以 G3BP 为中心的 SG 网络。

肿瘤代谢类

• 暂无。

肿瘤免疫类

CAR-T免疫突触修饰

Synapse-tuned CARs enhance immune cell anti-tumor activity. Nat Biotechnol

PAD分型-综述-NK cells

• 嵌合抗原受体 (CAR) 技术已在临床上用于治疗血液系统恶性肿瘤；然而，实体瘤对 CAR 疗法仍然具有弹性。由于其固有的抗肿瘤功能，自然杀伤 (NK) 细胞可以为基于 CAR 的方法提供最佳类别的免疫细胞。
• 在这项研究中，我们试图通过向 CAR 添加细胞内支架蛋白结合位点来调整 CAR 免疫突触。我们采用 PDZ 结合基序 (PDZbm)，可实现额外的支架交联，从而增强突触形成和 NK CAR 细胞极化。
• 这种 CAR 设计的综合效应导致体外和体内效应细胞功能的增加。此外，我们使用 T 细胞并观察到效应器功能的类似全局增强。
• 突触调节的 CAR 免疫细胞在许多不同的肿瘤模型（包括实体瘤）中表现出增强的突触强度、分泌的细胞因子的数量和丰度、增强的肿瘤细胞杀伤力和延长的存活期。

靶向YTHDF1促进anti-PD-1疗效

Targeting M⁶A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer – PubMed (nih.gov). Gut

• 目的：N6-甲基趋化胺（m⁶A）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用仍在研究中。在这里，我们阐明了结直肠癌（CRC）时间中YTH N6 N6-甲基腺苷结合蛋白1（YTHDF1）的功能和机制。
• 设计：在组织微阵列（n = 408）和TCGA（n = 526）队列中评估YTHDF1的临床意义。 YTHDF1功能是在合成肿瘤，肠特异性YTHDF1敲击蛋白小鼠和人体化小鼠中确定的。单细胞RNA-SEQ（SCRNA-SEQ）用于配置时间。甲基化的RNA免疫沉淀测序（MERIP-SEQ），RNA测序（RNA-SEQ）和核糖体测序（Ribo-Seq）用于识别YTHDF1直接靶标。囊泡状的纳米颗粒（VNP）包含的YTHDF1-SIRNA用于体内YTHDF1沉默。
• YTHDF1表达与TCGA-CRC中的干扰素-γ基因信号负相关。一致的是，YTHDF1蛋白与独立组织微阵列队列中CD8+ T细胞浸润有负相关，这意味着其在时间上的作用。 YTHDF1的遗传耗竭增强了CT26（MSS-CRC）和MC38（MSI-H-CRC）合成肿瘤中的抗肿瘤免疫力，而YTHDF1敲击蛋白促进了免疫抑制的时间，促进了在甲烷基 – 二甲烷 – 二甲烷 – 二甲烷 – 硫烷 – 硫烷 – 硫酸硫酸硫磺硫酸盐或Apcmin/apcmin/+模型中促进CRC。
• SCRNA-SEQ鉴定出髓样衍生的抑制细胞（MDSC）的还原，与YTHDF1敲除肿瘤中细胞毒性T细胞的增加相关。集成的Merip-Seq，RNA-Seq和Ribo-Seq揭示了P65/RELA作为YTHDF1目标。 YTHDF1促进了P65转换为上调CXCL1，从而增加了MDSC通过CXCL1-CXCR2轴迁移。 MSDC随着时间的推移又拮抗了功能性CD8+ T细胞。重要的是，针对CRISPR的YTHDF1（群集定期间隔短的短粒子重复序列）或VNPS-SIYTHDF1在MSI-H CRC中促进了抗PD1疗效，并在MSS CRC中克服了抗PD1的抗性。
• 结论：YTHDF1通过M⁶A-P65-CXCL1/CXCR2轴损害抗肿瘤免疫，以促进CRC，并作为免疫检查点阻断治疗的治疗靶标。

肝转移灶CD8⁺ CD226^high T 细胞与临床治疗反应

CD8+ CD226high T cells in liver metastases dictate the prognosis of colorectal cancer patients treated with chemotherapy and radical surgery. Cell Mol Immunol. full html

研究过程挺简单的，有点像关系户。可以看看Methods部分。

• 据报道，CD226 参与了 CD8+ T 细胞功能障碍的挽救。在这项研究中，我们旨在评估 CD226 在肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 中的预后价值，肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 来自接受化疗和根治性手术治疗的结直肠癌 (CRC) 肝转移。
• 来自 43 个转移灶的 TIL 被分离出来并使用流式细胞术进行离体分析。通过免疫组织化学评估肿瘤微环境中的 CD155 和 CD3 水平。本研究中强调的生物过程的探索和验证是通过生物信息学分析对 28 个经过化疗预处理的 CRC 肝转移以及公共基因表达数据集的大量 RNA-seq 结果进行的。
• CD226 表达有助于定义 CRC 肝转移和原发性肿瘤的免疫环境。在肝转移中，CD8+ T 细胞上的 CD226 并未与其他免疫检查点（如 PD1、TIGIT 和 TIM3）特异性共表达。多变量 Cox 回归分析显示 CD8+ T 细胞上的 CD226 表达是一个独立的预后因素 (p = 0.003)，以及侵袭边缘的 CD3 密度 (p = 0.003) 和 CD4+ T 细胞上的 TIGIT 表达 (p = 0.019)。 CD155 与 CD226 的预后价值无关。验证数据集中的基因表达分析证实了 CD226 在 CRC 肝转移而非原发性肿瘤中的预后价值。 IL15 治疗可恢复肝脏微环境中 CD226 对 CD8+ TIL 的下调。
• 总体而言，肝转移浸润性 CD8+ T 细胞上的 CD226 表达选择性地有助于 CRC 肝转移的免疫监视，并且对接受根治性手术的患者具有预后价值。

MIB2促进PD-L1非蛋白水解 K63 泛素化并从高尔基体转运至癌细胞膜

PD-L1 translocation to the plasma membrane enables tumor immune evasion through MIB2 ubiquitination. J Clin Invest

MIB2的名字怎么这么特别 (ฅ´ω`ฅ)

• 程序性死亡配体 1 (PD-L1) 是一种关键的免疫检查点配体，是一种在肿瘤细胞内质网中合成并转运至质膜与 T 细胞上表达的程序性死亡 1 (PD-1) 相互作用的跨膜蛋白表面。这种相互作用向 T 细胞传递共抑制信号，从而抑制它们的功能并允许逃避抗肿瘤免疫。大多数用于评估临床或临床试验中肿瘤细胞 PD-L1 表达水平的配套或补充诊断设备都需要膜染色。然而，人们对从头合成后驱动 PD-L1 易位至质膜的机制知之甚少。
• 在此，我们表明 PD-L1 从跨高尔基体网络 (TGN) 到癌细胞质膜的转运需要心灵炸弹同系物 2 (MIB2)。 MIB2 缺陷导致肿瘤细胞表面的 PD-L1 蛋白减少，并促进小鼠的抗肿瘤免疫。
• 从机制上讲，MIB2 催化 PD-L1 的非蛋白水解 K63 泛素化，通过 Ras 相关结合 8 介导（RAB8 介导）从 TGN 胞吐到质膜促进 PD-L1 运输，在那里它从外部结合 PD-1 以防止T 细胞杀死肿瘤细胞。
• 我们的研究结果表明，MIB2 对 PD-L1 的非蛋白水解泛素化是其转运至质膜和肿瘤细胞免疫逃避所必需的。

胃癌全身免疫状态与化疗反应

Multiplex immune profiling reveals the role of serum immune proteomics in predicting response to preoperative chemotherapy of gastric cancer. Cell Rep Med. full pdf

PAD分型-第五章-讨论

• 胃腺癌患者对术前化疗的反应各不相同。该领域的现有研究主要集中在肿瘤微环境 (TME) 上，而对全身免疫与化疗反应之间的关系知之甚少。
• 在这项研究中，我们收集了胃腺癌患者在术前化疗之前、之中和之后的血清样本，并使用基于抗体的蛋白质组学面板研究了他们的免疫蛋白质组学。我们还收集手术切除的肿瘤样本，并结合多种方法来评估其 TME。
• 我们发现局部和全身免疫特征都与治疗反应相关。动态血清免疫蛋白质组学表明，术前化疗可诱导复杂的全身免疫反应。建立了治疗前血清蛋白评分系统用于反应预测。
• 总之，这些发现强调了全身免疫在胃癌治疗中的基本但在很大程度上被低估的作用，表明基于治疗前血清免疫蛋白质组学的患者分层策略。

外显子-转座因子非规范剪接点可作为肿瘤特异性抗原的来源

Noncanonical splicing junctions between exons and transposable elements represent a source of immunogenic recurrent neo-antigens in patients with lung cancer. Sci Immunol

PAD分型-综述-neoantigen。系列研究

• 尽管大多数特征性肿瘤抗原由规范转录本（如分化或肿瘤-睾丸抗原）或突变（驱动突变和乘客突变）编码，但最近的结果表明，包括长链非编码 RNA 和转座因子 (TE) 在内的非规范转录本也可以编码肿瘤特异性新抗原。
• 在这里，我们研究了源自编码外显子和 TE 之间的非规范 mRNA 剪接事件的肿瘤抗原的呈现和免疫原性。比较人类非小细胞肺癌 (NSCLC) 和不同的健康组织，我们确定了一个剪接点子集，该子集既具有肿瘤特异性，又在患者之间共享。我们使用 HLA-I 肽组学来鉴定由原代 NSCLC 样本和肺肿瘤细胞系中的肿瘤特异性连接编码的肽。复发连接编码肽在体外具有免疫原性，并且对连接编码表位具有特异性的 CD8+ T 细胞存在于非小细胞肺癌患者的肿瘤和肿瘤引流淋巴结中。
• 我们得出结论，外显子和 TE 之间的非典型剪接点代表了 NSCLC 患者中复发性免疫原性肿瘤特异性抗原的来源。

外显子-转座因子非规范剪接点可作为肿瘤特异性抗原的来源

Epigenetically controlled tumor antigens derived from splice junctions between exons and transposable elements. Sci Immunol

PAD分型-综述-neoantigen。系列研究

• 肿瘤发生通常涉及表观遗传改变，包括转座因子 (TE) 的去抑制和选择性剪接缺陷。在这里，我们探讨了外显子和 TE 之间的非规范剪接点代表肿瘤特异性抗原来源的可能性。
• 我们表明小鼠正常组织和肿瘤细胞系在外显子和 TE 之间表达广泛但不同范围的 mRNA 连接，其中一些是肿瘤特异性的。肿瘤细胞系中的免疫肽组分析鉴定了源自与 MHC-I 分子相关的外显子 TE 剪接点的肽。
• 外显子-TE 连接点衍生的肽在荷瘤小鼠中具有免疫原性。使用连接点衍生肽的预防性和治疗性疫苗接种均延迟了体内肿瘤的生长。 TE 沉默组蛋白 3-赖氨酸 9 甲基转移酶 Setdb1 的失活导致肿瘤细胞中新免疫原性连接的过度表达。
• 我们的研究结果将外显子 TE 剪接点确定为小鼠中的表观遗传控制、免疫原性和保护性肿瘤抗原，为癌症患者的肿瘤靶向和疫苗接种开辟了可能性。

T_reg细胞参与DCs调控细胞毒T细胞反应的过程

Tissue-specific abundance of interferon-gamma drives regulatory T cells to restrain DC1-mediated priming of cytotoxic T cells against lung cancer. Immunity

很有趣的发现。不知道该现象在泛癌水平是不是保守的？

• 局部环境因素影响淋巴结 (LN) 中的 CD8+ T 细胞启动。在这里，我们试图了解肿瘤引流纵隔淋巴结 (mLN) 的独特因素如何影响 CD8+ T 细胞对肺癌的反应。
• 1 型常规树突状细胞 (DC1s) 显示出 mLN 特异性未能诱导强烈的细胞毒性 T 细胞反应。使用调节性 T (T_reg) 细胞耗竭策略，我们发现 T_reg 细胞在 mLN 内的组织特异性微生态位内以空间协调的方式抑制 DC1。 T_reg 细胞抑制需要 DC1 和 T_reg 细胞之间的 MHC II 依赖性接触。升高的 IFN-γ 水平促使 T_reg 细胞分化为 mLN 中的 Th1 样效应 T_reg 细胞。
• 在癌症患者中，T_reg 细胞 Th1 极化，而不是 CD8+/T_reg 细胞比率，与检查点阻断免疫疗法的不良反应相关。
• 因此，mLN 中的 IFN-γ 将 T_reg 细胞扭曲为 Th1 样效应 T_reg 细胞，促使它们与 DC1 密切相互作用并随后抑制细胞毒性 T 细胞反应。

临床类

serplulimab或安慰剂联合化疗作为PD-L1 阳性食管鳞状细胞癌一线治疗的比较：随机双盲III期试验

First-line serplulimab or placebo plus chemotherapy in PD-L1-positive esophageal squamous cell carcinoma: a randomized, double-blind phase 3 trial. Nat Med

• 晚期食管鳞状细胞癌 (ESCC) 的一线全身治疗选择有限。在这项多中心、双盲 3 期试验中，共有 551 名既往未经治疗、局部晚期或转移性 ESCC 且 PD-L1 联合阳性评分≥1 的患者被随机 (2:1) 接受 serplulimab（一种抗 PD -1 抗体；3 mg/kg）或安慰剂（第 1 天），加顺铂 (50 mg/m2)（第 1 天）和持续输注 5-氟尿嘧啶 (1,200 mg/m2)（第 1 天和第 2 天） ，每 2 周一次。该研究达到了主要终点。
• 在由盲法独立放射学审查委员会评估的无进展生存期 (PFS) 的预设最终分析中，与安慰剂加化疗相比，serplulimab 加化疗显着改善了 PFS（中位 PFS 分别为 5.8 个月和 5.3 个月；风险比为 0.60； 95% 置信区间，0.48-0.75；P < 0.0001）。在预先指定的总生存期 (OS) 中期分析中，与安慰剂加化疗相比，serplulimab 加化疗也显着延长了 OS（中位 OS 分别为 15.3 个月和 11.8 个月；风险比，0.68；95% 置信区间，0.53-0.87； P = 0.0020）。
• serplulimab 联合化疗组和安慰剂联合化疗组分别有 201 名 (53%) 和 81 名 (48%) 患者发生 3 级或更高级别的治疗相关不良事件。 Serplulimab 加上每 2 周一次的化疗显着改善了先前未治疗的 PD-L1 阳性晚期 ESCC 患者的 PFS 和 OS，具有可控的安全性。
• 本研究已在 ClinicalTrials.gov (NCT03958890) 注册。

高或低剂量术前易普利姆玛加纳武单抗治疗 III 期尿路上皮癌

High- or low-dose preoperative ipilimumab plus nivolumab in stage III urothelial cancer: the phase 1B NABUCCO trial. Nat Med

• 1B 期 NABUCCO 试验的队列 1 显示，在 III 期尿路上皮癌 (UC) 中，术前易普利姆玛加纳武单抗的病理完全缓解率 (pCR) 很高。在队列 2 中，目的是调整剂量以优化反应。此外，我们报告了队列 2 的次要终点，包括疗效和耐受性，以及术前尿液和血浆中循环肿瘤 DNA (ctDNA) 缺失与两个队列临床结果的关联。
• 30 名患者接受了两个周期的 ipilimumab 3 mg kg-1 加 nivolumab 1 mg kg-1（队列 2A）或 ipilimumab 1 mg kg-1 加 nivolumab 3 mg kg-1（队列 2B），均随后接受 nivolumab 3 mg kg -1。我们在队列 2A 中观察到 6 名 (43%) 患者的 pCR，在队列 2B 中观察到 1 名 (7%) 患者的 pCR。
• 尿液 ctDNA 缺失与膀胱 pCR (ypT0Nx) 相关，但与无进展生存期 (PFS) 无关。血浆 ctDNA 缺失与 pCR（优势比：45.0；95% 置信区间 (CI)：4.9-416.5）和 PFS（风险比：10.4；95% CI：2.9-37.5）相关。
• 我们的数据表明，III 期 UC 需要高剂量易普利姆玛加纳武单抗，血浆中 ctDNA 的缺失可以预测 PFS。 ClinicalTrials.gov 注册号：NCT03387761。

anti-LAG3+anti-PD1黑色素瘤患者的免疫反应

Single-cell characterization of anti-LAG3+anti-PD1 treatment in melanoma patients. J Clin Invest

PAD分型-综述-Tregs

• 背景：Relatlimab+nivolumab（anti-LAG3+anti-PD1）已被 FDA 批准作为 III/IV 期黑色素瘤的一线治疗，但其对免疫系统的详细影响尚不清楚。
• 方法：我们在 I 期试验 (NCT01968109) 中使用单细胞 RNA 和 T 细胞受体 (TCR) 测序评估了来自 40 例免疫治疗初治或既往免疫治疗难治的转移性黑色素瘤患者的血液样本，这些患者接受了抗 LAG3 + 抗 PD1 治疗(scRNA+TCRαβ-seq) 结合其他多组学分析。
• 在 NK 细胞、调节性 T 细胞 (Tregs) 和 CD8+ T 细胞中观察到最高的 LAG3 表达，并且这些细胞群在治疗期间经历了最显着的变化。适应性 NK 细胞在应答者中富集，并在治疗期间经历了深刻的转录组学变化，从而产生了活跃的表型。
• LAG3+ Tregs 扩增，但根据转录组图谱，在治疗期间变得代谢沉默。最后，在有反应的患者中观察到更高的基线 TCR 克隆性，并且他们不断扩大的 CD8+ T 细胞克隆获得了更多的细胞毒性和 NK 样表型。
• 结论：除 CD8+ T 细胞外，抗 LAG3+ 抗 PD1 疗法对 NK 细胞和 Tregs 也有深远影响。
• 临床试验：政府 (NCT01968109) 资助。芬兰癌症基金会、Sigrid Juselius 基金会、Signe 和 Ane Gyllenberg 基金会、Relander 基金会、芬兰大学级健康研究的国家资助、芬兰科学院赫尔辛基生命科学研究所研究员资助以及 BMS 的研究人员发起的研究资助.

III期KEYNOTE-407 研究更新：转移性鳞状NSCLC

Pembrolizumab Plus Chemotherapy in Squamous Non-Small-Cell Lung Cancer: 5-Year Update of the Phase III KEYNOTE-407 Study – PubMed (nih.gov). J Clin Oncol

• 临床试验通常包括在不同时间成熟的多个终点。初始报告通常基于主要终点，可能会在关键的计划联合主要或次要分析尚不可用时发布。临床试验更新提供了一个机会来传播发表在 JCO 或其他地方的研究的更多结果，这些研究的主要终点已经报告。
• 我们报告了 III 期 KEYNOTE-407 研究（ClinicalTrials。政府标识符：NCT02775435）。既往未接受过治疗的转移性鳞状非小细胞肺癌 (NSCLC) 符合条件的患者按 1:1 的比例随机分配至帕博利珠单抗 200 mg 或安慰剂加卡铂和紫杉醇/白蛋白结合型紫杉醇，每 3 周一次，持续四个周期，随后接受帕博利珠单抗或安慰剂安慰剂长达 35 个周期。主要终点是总生存期 (OS) 和无进展生存期 (PFS)，根据 RECIST 1.1 版，通过盲法独立中央审查 (BICR)。
• 559 名患者被随机分配到意向治疗人群中（派姆单抗加化疗，n = 278；安慰剂加化疗，n = 281）。从随机分配到数据截止的中位时间为 56.9（范围，49.9-66.2）个月。派姆单抗联合化疗与安慰剂联合化疗相比，OS 和 PFS 得到改善（风险比 [95% CI]，0.71 [0.59 至 0.85] 和 0.62 [0.52 至 0.74]），5 年 OS 率分别为 18.4% 与 9.7%。毒性是可控的。
• 在完成 35 个周期的派姆单抗治疗的 55 名患者中，客观缓解率为 90.9%，完成 35 个周期后的 3 年 OS 率为 69.5%（随机分配后约 5 年）。 Pembrolizumab 加化疗与安慰剂加化疗相比，在先前未治疗的转移性鳞状 NSCLC 中保持了 OS 和 PFS 益处，并且是转移性鳞状 NSCLC 的标准护理一线治疗选择，无论程序性死亡配体 1 表达如何。

染色体 1q/MDM4三倍体驱动的克隆性造血定义了FA中白血病的典型途径

Clonal hematopoiesis driven by chromosome 1q/MDM4 trisomy defines a canonical route toward leukemia in Fanconi anemia. Cell Stem Cell

• 范可尼贫血 (FA) 患者经历染色体不稳定，产生造血干细胞/祖细胞 (HSPC) 耗竭和易患预后不良的骨髓性白血病。
• 基于 335 名患者的纵向队列，我们对 62 名克隆进化患者进行了临床、基因组和功能研究。我们发现了一种独特的体细胞结构变异和突变模式，它们具有 BRCA 相关癌症的特征，FA 标志是不平衡的，微同源介导的易位驱动拷贝数改变。一半患者出现染色体 1q 增益，通过 MDM4 三体下调 p53 信号驱动克隆性造血，随后发生继发性急性髓性白血病基因组改变。
• 在功能上，MDM4 三倍体赋予小鼠和人类原代 FA HSPC 更大的适应性，挽救炎症介导的骨髓衰竭，并在 FA 小鼠模型中推动克隆优势，同时在体外和体内靶向 MDM4 受损的白血病细胞。
• 我们的结果确定了继发性白血病发生的线性途径，其中早期 MDM4 驱动的基础 p53 激活下调发挥关键作用，开启监测和治疗前景。

计算机辅助检测在CRC中的成本效益评估

An Evaluation of Critical Factors for the Cost-Effectiveness of Real-Time CAD: Sensitivity and Threshold Analyses Using a Microsimulation Model. Gastroenterology

很特别的研究方式，关注Methods部分

• 背景：使用计算机辅助检测 (CAD) 可提高结直肠癌 (CRC) 筛查/监测期间的腺瘤检出率 (ADR)。本研究旨在评估 CAD 具有成本效益的要求，以及 CAD 对肿瘤的影响内镜医师用不同的 ADR 检测腺瘤。
• 方法：我们开发了一个半马尔可夫微观模拟模型来比较传统结肠镜检查（平均 ADR 26%）与 CAD 结肠镜检查（平均 ADR 37%）的有效性。 CAD 被建模为每个程序的成本为 75 美元。进行了广泛的单向敏感性和阈值分析以改变 CAD 的成本和 ADR。多个场景评估了 CAD 对内窥镜医师 ADR 的潜在影响。结果测量以增量成本效益比报告，支付意愿阈值为 100,000 美元/QALY。
• 结果：当 CAD 建模改善了所有内镜医师的 ADR 时，CAD 队列的终生 CRC 病例和死亡人数每 10,000 人减少了 79 和 34。这种情况占主导地位，节省了 143 美元的成本，增加了 0.01 QALYs 的有效性。阈值分析表明，如果每次结肠镜检查的额外费用高达 579 美元，或者将 ADR 从 26% 增加到至少 30%，则 CAD 具有成本效益。当仅限于改善低 ADR 内镜医师的 ADR（ADR < 25%）时，CAD 降低了 CRC 发病率和死亡率，与传统结肠镜检查相比，每 10,000 人减少 67 例 CRC 病例和 28 例 CRC 死亡。
• 结论：随着 CAD 在临床上的实施，与传统的结肠镜检查相比，它需要将平均 ADR 从 26% 提高到至少 30% 或每次结肠镜检查的成本低于 579 美元才能具有成本效益。需要进一步研究以了解 CAD 在社区实践中的影响。

皮肤不良反应与ICIs相关生存的相关性

Cutaneous immune-related adverse events are associated with longer overall survival in advanced cancer patients on immune checkpoint inhibitors: a multi-institutional cohort study. J Am Acad Dermatol

潜在机制耐人寻味！

• 背景：高达 40% 的免疫检查点抑制剂 (ICI) 接受者会发生皮肤免疫相关不良事件 (cirAE)。然而，cirAE 与生存的关联仍不清楚。
• 目的：调查 cirAEs 与 ICI 接受者生存的关联。
• 方法：ICI 接受者是从 Mass General Brigham 医疗保健系统 (MGB) 和 Dana-Farber 癌症研究所 (DFCI) 中确定的。在 ICI 启动后的 2 年内，对患者图表进行了 cirAE 发展的审查。多变量时变 Cox 比例风险模型，根据年龄、性别、种族/民族、Charlson 合并症指数、ICI 类型、癌症类型和 ICI 启动年份进行调整，用于研究 cirAE 发展对总体生存的影响。
• 结果：在 3,731 名 ICI 接受者中，18.1% 发生了 cirAE。 6 个月的地标分析和时变 Cox 比例风险模型表明，发生 cirAE 的患者与死亡率降低相关（HR=0.87，p=0.027），尤其是黑色素瘤患者（HR=0.67，p=0.003）。在个体形态中，苔藓样出疹 (HR=0.51,p<0.001)、银屑病样出疹 (HR=0.52,p=0.005)、白斑 (HR=0.29,p=0.007)、无明显皮疹表现的孤立性瘙痒 (HR=0.71) ,p=0.007)、痤疮样皮疹 (HR =0.34,p=0.025) 和非特异性皮疹 (HR=0.68, p<0.001) 在多重比较调整后与更好的生存率显着相关。
• 局限性：回顾性设计；单一地理。
• 结论：CirAE 的发展与 ICI 接受者尤其是黑色素瘤患者的生存率提高有关。

其它类

MVA-BN疫苗有效性评估

Real-world effectiveness of a single dose of mpox vaccine in males. Nat Med

• 世界卫生组织于 2022 年 7 月宣布最近全球爆发的人类猴痘 (mpox) 病毒为突发公共卫生事件。天花和 mpox 疫苗（JYNNEOS；Modified Vaccinia Ankara-Bavarian Nordic；MVA-BN）作为两剂方案是目前用于对抗 mpox 的主要疫苗。然而，迄今为止，MVA-BN 对 mpox 的疗效从未在临床试验中得到证实。
• 由于疫苗供应有限，世界卫生组织建议优先接种高危人群。我们在这项观察性、回顾性队列研究中评估了单次皮下剂量 MVA-BN 的真实世界有效性，其中包括对 2022 年 7 月 31 日有资格接种疫苗的所有 Clalit Health Services 成员的电子健康记录的分析。我们使用具有时间相关协变量的 Cox 比例风险回归模型来估计疫苗接种和 mpox 之间的关联，同时调整社会人口学和临床风险因素。
• 在对符合疫苗资格标准的 2,054 名男性个体的分析中，1,037 名 (50%) 在研究招募期间接种了疫苗并完成了至少 90 天的随访。在研究期间，已接种疫苗和未接种疫苗的个体分别确认了 5 例和 16 例感染。调整后的疫苗有效性估计为 86%（95% 置信区间，59-95%）。
• 我们的结果表明，在这个高危人群中单剂量皮下注射 MVA-BN 可显着降低猴痘病毒感染风险。

CRISPR-Cas13附带活性可导致28s rRNA切割

The collateral activity of RfxCas13d can induce lethality in a RfxCas13d knock-in mouse model. Genome Biol

• 背景：CRISPR-Cas13 系统是一种 RNA 引导的 RNA 靶向系统，已广泛用于转录组工程，具有潜在的重要临床应用。然而，Cas13 是否在哺乳动物细胞中表现出侧支活性仍存在争议。
• 结果：在这里，我们发现在成年脑神经元中使用 RfxCas13d 敲低基因表达导致小鼠死亡，这可能是由于 RfxCas13d 的附带活动而不是目标基因功能的丧失或脱靶效应。从机制上讲，我们表明 RfxCas13d 在哺乳动物细胞中表现出附带活动，这与目标 RNA 的丰度呈正相关。 RfxCas13d 的附带活性可以将 28s rRNA 切割成两个片段，导致翻译减弱和 ZAKα-JNK/p38-立即早期基因通路的激活。
• 结论：这些发现为 RfxCas13d 在哺乳动物细胞中的侧支活性提供了新的机制见解，并警告说 CRISPR-Cas13 系统的生物安全性在应用于临床治疗之前需要进一步评估。

联合对数优势概率与CRISPR假阴性率

Recovering false negatives in CRISPR fitness screens with JLOE. Nucleic Acids Res. full html

• 人们普遍认为，汇集库 CRISPR 基因敲除筛选在检测破坏导致适应性缺陷的基因方面比现有技术具有更高的灵敏度和特异性，这是识别候选癌症靶标的关键步骤。然而，CRISPR 筛选饱和的假设在很大程度上未经检验。
• 通过对 Cancer Dependency Map 生成的癌细胞系筛选数据的综合分析，我们发现典型的 CRISPR 筛选除了库特异性假阴性外，还有大约 20% 的假阴性率。随着基因表达的减少，可复制性急剧下降，而组织内的癌症亚型特异性基因与假阴性相比显示出截然不同的特征。
• 跨组织的累积分析提高了我们对核心必需基因的理解，并仅提出了少量谱系特异性必需基因，富含定义组织分化途径的转录因子。
• 为了恢复漏报，我们引入了一种方法，即联合对数优势概率 (JLOE)，该方法建立在我们之前与 BAGEL 合作的基础上，可以在不增加错误发现率的情况下选择性地挽救漏报。

肠道微生物失调与临床治疗反应

The influence of microbial dysbiosis on immunochemotherapy-related efficacy and safety in diffuse large B-cell lymphoma. Blood

如何评估该差异中受非DLBCL特异性因素（比如肿瘤患者饮食变化等）的gut microbiome改变？

• 肠道微生物群会影响癌症的发展以及化疗的疗效和安全性，但人们对其对淋巴瘤的影响知之甚少。
• 我们从初治、新诊断的弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 患者 (n = 189) 中获取了粪便样本。我们首先进行了 16S 核糖体 RNA 基因测序 (n = 158)，然后对额外样本进行了全基因组鸟枪法测序 (n = 106)。我们将这些患者的微生物组数据与健康对照组的数据进行了比较，并评估了微生物组特征是否与治疗结果相关。
• DLBCL 患者的 alpha 多样性显着低于健康对照组 (P < 0.001)，并且微生物组成在各组之间存在显着差异 (P < 0.001)。属于变形杆菌门的肠杆菌科的丰度在患者中明显高于健康对照。微生物组的功能分析揭示了通过 1 型菌毛、生物膜形成和抗生素耐药性与机会性发病机制的关联。肠杆菌科成员在经历过发热性中性粒细胞减少症和经历过复发或进展的患者中显着丰富 (P < 0.001)。
• 有趣的是，更多的肠杆菌科细菌与更短的无进展生存期相关 (P = 0.007)。微生物组富含肠杆菌科的患者的细胞因子谱与白细胞介素 6 (P = 0.035) 和干扰素-g (P = 0.045) 水平显着相关。
• 总之，DLBCL 患者表现出肠道微生物失调。肠杆菌科的丰度与治疗结果和发热性中性粒细胞减少症相关。需要进一步的研究来阐明肠道菌群失调在 DLBCL 中的起源和作用。

GPR162-STING-DNA损伤通路与肿瘤进展

GPR162 activates STING dependent DNA damage pathway as a novel tumor suppressor and radiation sensitizer – PubMed (nih.gov). Signal Transduct Target Ther

• 在大多数恶性肿瘤的治疗中，放疗发挥着重要作用。然而，癌细胞对电离辐射（IR）的抵抗是放射治疗失败的主要原因，从而导致肿瘤复发和转移。
• 在这项研究中，我们证实 GPR162 是 G 蛋白偶联受体家族中的孤儿受体，通过与干扰素基因刺激物 (STING) 相互作用。作为一种新型放疗增敏剂，GPR162靶向 DNA 损伤反应，激活 IRF3，加速I型干扰素系统的激活，促进CXCL10、CXCL4等趋化因子的表达，抑制肿瘤的发生发展。
• 有趣的是， GPR162 的过表达激活 STING 与 cGAS 的经典途径无关。 STING 抑制剂可以抵抗 GPR162 在 IR 诱导的小鼠模型中过表达的抗肿瘤作用。
• 此外，大多数实体瘤表现出 GPR162 的低表达。 GPR162 的高表达表明肺腺癌、肝癌、乳腺癌等患者的预后较好。
• 综上所述，这些结果表明 GPR162 可能通过促进放疗诱导的 STING-IFN 产生和作为放疗的潜在增敏剂。增加包括 CXCL10 和 CXCL4 在内的趋化因子在 DNA 损伤反应中的表达，为改善癌症放疗提供了一种替代策略。

SOX9+干细胞与胃癌发生

SOX9 modulates the transformation of gastric stem cells through biased symmetric cell division. Gastroenterology

• 背景和目的：干细胞/祖细胞的转化与多种组织的肿瘤发生有关，但在胃中干细胞很难定位。因此，我们旨在结合使用几种标记物，以便更好地将致癌基因靶向胃干细胞，并了解它们在胃肿瘤发生初始阶段的行为。
• 方法：通过靶向干/祖细胞生成胃化生和胃癌小鼠模型，并使用包括单细胞 RNA 测序和免疫染色再分析在内的技术进行分析。使用 CRISPR/Cas9 对胃癌细胞类器官进行基因操作以进行功能研究。细胞分裂是通过 BrdU 追踪分析和有丝分裂纺锤体方向的评估来确定的。通过组织病理学和免疫染色检查患者的胃组织。
• 致癌性损伤导致小鼠胃中 SOX9+ 祖细胞的扩增。遗传谱系追踪和类器官培养研究表明，SOX9+ 胃上皮细胞与 SOX2+ 祖细胞重叠，包括可以自我更新和分化以产生所有胃上皮细胞的干细胞。此外，在我们的新型小鼠模型（Sox2-CreERT；Sox9-loxp(66)-rtTA-T2A-Flpo-IRES-loxp(71)；Kras（Frt-STOP- Frt-G12D);P53R172H)，它结合了 Cre-loxp 和 Flippase-Frt 基因重组系统。
• Sox9 缺失阻碍了胃祖细胞的扩张，并阻止了 Kras 激活后的肿瘤形成。尽管在不对称分裂占主导地位的情况下维持组织稳态不需要 Sox9，但在 Kras 激活的情况下 Sox9 的缺失会导致对称细胞分裂减少，并有效减弱干细胞/祖细胞的 Kras 依赖性扩张。同样，胃癌类器官中的 Sox9 缺失会减少对称细胞分裂、类器官数量和类器官大小。在胃癌患者中，高水平的 SOX9 与复发和预后不良有关。
• 结论：SOX9 标记胃干细胞并调节偏向对称细胞分裂，这似乎是胃干细胞恶性转化所必需的。

YAP融合蛋白的核凝聚物驱动室管膜瘤肿瘤发生

Nuclear condensates of YAP fusion proteins alter transcription to drive ependymoma tumourigenesis. Nat Cell Biol

• HIPPO-YAP 融合蛋白的核定位与幕上室管膜瘤的发展有关。在这里，出乎意料的是，我们发现复发性患者来源的 YAP 融合 YAP-MAMLD1 和 C11ORF95-YAP 的液-液相分离，而不是核定位，是神经祖细胞室管膜瘤肿瘤发生的基础。
• 诱变和嵌合体分析表明，本质上无序的区域促进 YAP 融合寡聚化为核、斑点样、无膜凝聚物。 YAP 与转录激活因子 GCN4 的卷曲螺旋结构域融合诱导的寡聚化和核凝聚也促进了室管膜瘤的形成。 YAP-MAMLD1 将转录因子和共激活因子（包括 BRD4、MED1 和 TEAD）集中在凝聚物中，同时排除转录抑制 PRC2，并诱导促进转录和致癌程序的远程增强子-启动子相互作用。
• 阻断冷凝物介导的转录共激活因子活性可抑制肿瘤发生，表明液相分离对室管膜瘤中 YAP 融合致癌活性的关键作用。
• 包含本质上无序区域特征的 YAP 融合在人类肿瘤中很常见，这表明核凝聚物可以靶向治疗 YAP 融合诱发的癌症。

靶向MDM2可促使p53失活TNBC凋亡

Targeted MDM2 degradation reveals a new vulnerability for p53 inactivated triple negative breast cancer. Cancer Discov

PROTAC是什么？

• 三阴性乳腺癌 (TNBC) 经常使 p53 失活，从而增加其侵袭性和治疗抵抗力。
• 我们在 p53 失活的 TNBC 中发现了一个意外的蛋白质漏洞，并设计了一个新的 PROTAC 来瞄准它。我们的 PROTAC 选择性地靶向 MDM2 以进行蛋白酶体介导的降解，具有高亲和力结合和 VHL 募集。
• 在 2D/3D 培养物和 TNBC 患者外植体（包括复发性肿瘤）中，p53 突变体/缺失的 TNBC 细胞中的 MDM2 缺失导致细胞凋亡，同时保留正常细胞。我们的 MDM2-PROTAC 在体内是稳定的，对 TNBC 异种移植小鼠的治疗显示出肿瘤靶向疗效，对正常细胞无毒性，显着延长了生存期。
• 转录组学分析揭示了 p53 家族靶基因的上调。调查显示 TAp73 的激活和必要的作用，以介导 MDM2-PROTAC 诱导的细胞凋亡。
• 我们的数据挑战了当前的 MDM2/p53 范式，表明 MDM2 是 p53 失活的 TNBC 细胞存活所必需的，而 PROTAC 靶向的 MDM2 降解是 TNBC 的一种创新的潜在治疗策略，优于现有的 MDM2 抑制剂。

多重激酶相互作用组分析量化细胞网络活动和可塑性

Multiplexed kinase interactome profiling quantifies cellular network activity and plasticity. Mol Cell

• 蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络的动态变化是所有生理细胞功能的基础，并导致毁灭性的人类疾病。因此，分析 PPI 网络可以提供对疾病机制的重要见解并确定新的药物靶点。激酶是许多 PPI 网络中的调节节点；然而，缺乏系统研究激酶相互作用组动力学的简便方法。
• 我们描述了 kinobeads 竞争和相关分析 (kiCCA)，这是一种基于定量质谱的化学蛋白质组学方法，用于快速和高度多重分析内源性激酶相互作用组。
• 使用 kiCCA，我们鉴定了 18 个不同癌症系中 238 种激酶的 1,154 个 PPI，量化了与癌症类型、可塑性和信号状态相关的背景依赖性激酶相互作用组变化，从而为细胞信号研究建立了广泛的知识库。我们发现了候选药物靶点，包括促进癌细胞上皮-间充质可塑性和耐药性的内吞衔接子相关激酶 (AAK1) 复合物。
• 我们的数据证明了激酶相互作用组动力学对于健康和疾病中细胞信号传导的重要性。

机器学习/组学类

基于ATAC-seq的全基因组TFBS预测

maxATAC: Genome-scale transcription-factor binding prediction from ATAC-seq with deep neural networks. PLoS Comput Biol

• 转录因子读取基因组，从根本上将 DNA 序列与不同细胞类型的基因表达联系起来。确定转录因子结合染色质的方式、位置和时间将促进我们对基因调控网络和细胞行为的理解。 2017 年 ENCODE-DREAM 体内转录因子结合位点 (TFBS) 预测挑战强调了染色质可及性数据对 TFBS 预测的价值，建立了从 DNase-seq 预测 TFBS 的最先进方法。
• 然而，最近的 Assay-for-Transposase-Accessible-Chromatin (ATAC)-seq 已经超过 DNase-seq，成为使用最广泛的染色质可及性分析方法。此外，ATAC-seq 是唯一可从标准商业平台获得单细胞分辨率的此类技术。虽然 ATAC-seq 数据集呈指数增长，但不幸的是，次优基序扫描是 ATAC-seq 预测 TFBS 的最常用方法。
• 为了让社区能够从 ATAC-seq 获得最先进的 TFBS 预测，我们 (1) 为 ATAC-seq 模型训练策划了一个广泛的基准数据集 (127 个 TF) 和 (2) 构建了“maxATAC”，一套用户友好的深度神经网络模型，用于从任何细胞类型的 ATAC-seq 进行全基因组 TFBS 预测。 maxATAC 拥有可用于 127 个人类 TF 的模型，是用于 ATAC-seq 的最大的高性能 TFBS 预测模型集合。 maxATAC 性能扩展到原代细胞和单细胞 ATAC-seq，从而改进体内 TFBS 预测。我们通过识别与特应性皮炎遗传风险位点的等位基因依赖性染色质可及性相关的 TFBS 来证明 maxATAC 的能力。

宏基因组组装器MetaCortex

Capturing variation in metagenomic assembly graphs with MetaCortex – PubMed (nih.gov). Bioinformatics

• 动机：从宏基因组样本中组装连续序列提出了一个特殊的挑战，因为存在多个物种，通常密切相关，丰度水平不同。捕获物种内的多样性，例如病毒单倍型或细菌菌株水平的多样性，更具挑战性。
• 我们展示了 MetaCortex，这是一种宏基因组组装器，它通过在基础组装图中沿着组装序列搜索局部变异的特征并以序列图格式输出这些序列来捕获物种内多样性。
• 我们表明，MetaCortex 在具有高水平菌株水平多样性的模拟病毒群落和包含模拟菌株的模拟群落上，产生了比其他流行的宏基因组组装器具有更高基因组覆盖率和连续性的准确组装。
• 可用性和实现：源代码可从 https://github.com/SR-Martin/metacortex 免费下载，用 C 语言实现并支持 MacOS 和 Linux。用于本文结果的版本可在 https://doi.org/10.5281/zenodo.7273627 获得。

机器学习模型预测启动子近端Pol II 暂停程度

Predictive model of transcriptional elongation control identifies trans regulatory factors from chromatin signatures – PubMed (nih.gov). Nucleic Acids Res. full html

• 启动子近端聚合酶 II (Pol II) 暂停是基因表达的关键限速步骤。已经确定了调节暂停程度的 DNA 和 RNA 结合反式作用因子。然而，我们缺乏这些因素的相互作用如何决定暂停的定量模型，因此牵连因素的相对重要性是未知的。此外，可能存在以前未知的监管机构。
• 在这里，我们使用机器学习模型来解决这一差距，该模型可以从大规模基因组和转录组结合图谱以及基因注释和序列组成特征中准确预测启动子近端 Pol II 暂停的程度。我们通过在一个独立的细胞系上进行验证来展示模型的高精度和普遍性，该细胞系揭示了模型的细胞系不可知论特征。
• 根据有关调节因子分子功能的先验知识进行模型解释，证实了暂停与其他 RNA 处理步骤的相互联系。利用潜在的特征贡献，我们评估每个因素的相对重要性，量化它们的预测效果并系统地识别以前未知的暂停监管机构。我们还确定了 16 个以前未知的 7SK ncRNA 相互作用预测暂停的 RNA 结合蛋白。
• 我们的工作提供了一个框架，以进一步了解转录延伸中关键早期步骤的调控。

WMDS.net：发现基因共表达网络的关键调控因子

WMDS.net: a network control framework for identifying key players in transcriptome programs – PubMed (nih.gov). Bioinformatics

• 哺乳动物细胞可以转录重编程为其他细胞表型。细胞表型背后的转录网络中这种复杂转换的可控性是一种固有的生物学特征。这种网络可控性可以通过操作一些关键调节因子来引导转录程序从一种状态到另一种状态来解释。找到转录程序中的关键监管机构可以提供对细胞表型背后的网络状态转换的关键见解。
• 为了应对这一挑战，我们在这里提出将转录共表达网络中的关键监管机构确定为可以完全控制网络状态转换的驱动节点的最小支配集 (MDS)。基于结构可控性理论，我们开发了加权 MDS 网络模型 (WMDS.net) 来寻找差异基因共表达网络的驱动节点。 WMDS.net的权重将网络中节点的程度和两种生理状态下基因共表达差异的显着性综合为转录网络节点可控性的度量。为了确认其有效性，我们将 WMDS.net 应用于癌症基因组图谱中 RNA-seq 数据集中癌症驱动基因的发现。 WMDS.net 在各种癌症数据集中非常强大，并且在精度和召回率之间取得更好的平衡，优于其他顶级工具。

疾病基因识别算法NIAPU

NIAPU: Network-Informed Adaptive Positive-Unlabeled learning for disease gene identification. Bioinformatics

• 基因-疾病关联对于了解疾病病因和制定有效的干预措施和治疗方法至关重要。由于缺乏研究，识别尚未与疾病相关的基因是一项具有挑战性的任务，其中基于先验知识的优先级排序是一个重要因素。新的候选疾病基因的计算搜索可以通过正向未标记学习来简化，这是一种机器学习设置，其中只有一部分实例被标记为阳性，而其余数据集未标记。
• 在这项工作中，我们提出了一组有效的基于网络的特征，用于一种新的基于马尔可夫扩散的多类标记策略，用于推定的疾病基因发现。
• 新标记算法的性能和所提出特征的有效性已经使用三种机器学习算法在十种不同的疾病数据集上进行了测试。已将新特征与经典拓扑和功能/本体特征以及一组已用于基因发现任务的网络和生物衍生特征进行了比较。已发现综合方法在寻找新疾病基因方面的预测能力与最先进的算法相比具有竞争力。
• 可用性和实现：NIAPU 的源代码可以在 https://github.com/AndMastro/NIAPU 访问。本研究中使用的源数据可在各自网站上在线获取。

POI致病性基因突变分析

Landscape of pathogenic mutations in premature ovarian insufficiency. Nat Med

类GWAS研究

• 卵巢早衰（POI）是卵巢功能早期丧失导致女性不孕的主要原因。 POI 是一种异质性疾病，其分子病因学尚不清楚。
• 为了识别与 POI 相关的遗传变异，我们在这里对 1,030 名 POI 患者进行了全外显子组测序。我们在 59 个已知的 POI 致病基因中检测到 195 个致病/可能致病变异，占 193 (18.7%) 个病例。
• 关联分析将 POI 队列与 5,000 名没有 POI 的个体的对照队列进行比较，确定了另外 20 个 POI 相关基因，这些基因具有明显更高的功能丧失变异负担。这 20 个新基因功能注释表明它们参与卵巢发育和功能，包括性腺发生（LGR4 和 PRDM1）、减数分裂（CPEB1、KASH5、MCMDC2、MEIOSIN、NUP43、RFWD3、SHOC1、SLX4 和 STRA8）和卵泡发生和排卵（ALOX12 、BMP6、H1-8、HMMR、HSD17B1、MST1R、PPM1B、ZAR1 和 ZP3）。已知 POI 致病基因和新型 POI 相关基因的致病和可能致病变异累计导致 242 (23.5%) 例。
• 进一步的基因型-表型相关性分析表明，与继发性闭经病例相比，原发性闭经病例的遗传贡献更高。
• 这项研究扩展了对 POI 背后的遗传景观的理解，并提出了有可能提高诊断性遗传筛查效用的见解。

基于GCN的scRNA-Seq缺失值插入

scGGAN: single-cell RNA-seq imputation by graph-based generative adversarial network. Brief Bioinform

关注基因关系的表征方法

• 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据通常具有大量缺失值，这往往会导致关键基因信号信息的丢失，严重限制下游分析。基于深度学习的插补方法往往比浅层方法能更好地处理 scRNA-seq 数据，但它们大多没有考虑基因之间的内在关系，一个基因的表达往往受到其他基因的调控。因此，有必要通过考虑区域基因与基因的关系来估算 scRNA-seq 数据。
• 我们提出了一种新模型（名为 scGGAN）来估算 scRNA-seq 数据，该数据通过图卷积网络 (GCN) 学习基因间关系，通过生成对抗网络 (GAN) 学习全局 scRNA-seq 数据分布。 scGGAN 首先利用单细胞和大量基因组学数据来探索基因之间的内在关系，并构建更紧凑的基因关系网络以共同捕获同质和异质信息。然后，构建基于GCN的GAN模型，整合scRNA-seq、基因测序数据和基因关系网络生成scRNA-seq数据，并通过对抗学习训练模型。最后，它利用经过训练的基于 GCN 的 GAN 模型生成的数据来估算 scRNA-seq 数据。
• 在模拟和真实 scRNA-seq 数据集上的实验表明，scGGAN 可以有效地识别丢失事件，恢复具有生物学意义的表达，确定亚细胞状态和类型，改进差异表达分析和时间动力学分析。消融实验证实，基因关系网络和基因序列数据都有助于 scRNA-seq 数据的插补。

基于单细胞测序的细胞类型聚类

scBGEDA: Deep Single-cell Clustering Analysis via a Dual Denoising Autoencoder with Bipartite Graph Ensemble Clustering – PubMed (nih.gov). Bioinformatics

关注数据预处理和训练数据类型相关的Methods部分。

• 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种越来越流行的单细胞水平基因表达转录组学分析技术。细胞类型聚类是 scRNA-seq 数据分析中的第一个关键任务，有助于准确识别细胞类型和研究其转录本的特征。最近，已经开发了几种基于深度自动编码器和集成聚类的计算模型来分析 scRNA-seq 数据。然而，当前的深度自动编码器不足以学习 scRNA-seq 数据的潜在表示，并且从这些特征表示中获得共识分区仍未得到充分探索。
• 为了应对这一挑战，我们提出了一个单细胞深度聚类模型，该模型通过双去噪自动编码器和称为 scBGEDA 的二分图集成聚类来识别单细胞转录组谱中的特定细胞群。首先，提出了一种单细胞双去噪自动编码器网络，将数据投影到压缩的低维空间中，并且可以通过零膨胀负二项式 (ZINB) 重建损失和去噪重建的协同优化的显式建模来学习特征表示损失。然后，设计了一种二分图集成聚类算法，通过基于图的一致性函数来利用细胞与学习的潜在嵌入空间之间的关系。
• 使用各种聚类指标对来自不同测序平台的二十个 scRNA-seq 数据集进行了多重比较实验。实验结果表明，scBGEDA 在这些数据集上的表现优于其他最先进的方法，并且还证明了其对大规模 scRNA-seq 数据集的可扩展性。此外，scBGEDA 能够通过量化基因对细胞簇的影响来识别细胞类型特异性标记基因并提供功能基因组分析，为识别细胞类型和从不同角度表征 scRNA-seq 数据带来新的见解。
• scBGEDA 的源代码可在 https://github.com/wangyh082/scBGEDA 获得。该软件和支持数据可以从 https://figshare.com/articles/software/scBGEDA/19657911 下载。

图聚类技巧netANOVA

netANOVA: novel graph clustering technique with significance assessment via hierarchical ANOVA – PubMed (nih.gov). Brief Bioinform

可作简单了解。

• 生命科学中的许多问题都可以归结为图（graphs）的比较。尽管存在大量此类技术，但通常，这些技术假设先验知识是关于分区或集群数量的，并且无法提供观察到的网络间异质性的统计显着性。
• 为了解决这些问题，我们开发了一个无监督的工作流程，以从可靠的基于网络的统计数据中识别图组。特别是，我们首先通过图之间的适当距离度量来计算网络之间的相似性，并将它们用于无监督的分层算法中以识别相似网络的类别。然后，为了确定最佳簇数，我们递归地测试两组网络之间的距离。测试本身在距离方差分析算法中找到了灵感。最后，我们通过对象间距离矩阵的排列来评估重要性。
• 值得注意的是，我们称之为 netANOVA 的方法非常灵活，因为用户可以选择多个选项来适应特定的上下文和网络类型。我们通过广泛的模拟和对两个真实数据集的应用展示了我们方法的优点和缺陷。
• NetANOVA 在控制 I 类错误的同时，在许多模拟场景中取得了高性能。在非合成数据上，与最先进方法的比较表明，netANOVA 通常表现最佳。
• 有许多应用领域，包括精准医学，通过个体水平的生物网络识别疾病亚型可以改进预防计划、诊断和疾病监测。

使用HE染色切片预测MSI型结直肠癌

Predicting colorectal cancer microsatellite instability with a self-attention-enabled convolutional neural network – PubMed (nih.gov). Cell Rep Med

经典的医学图像研究思路，值得一看。

• 本研究开发了一种将卷积神经网络模型 INSIGHT 与自我注意模型 WiseMSI 相结合的方法，以根据来自多中心中国队列的结直肠癌患者的图块预测微卫星不稳定性 (MSI)。
• 在 INSIGHT 将整个幻灯片图像中的肿瘤图块与正常组织图块区分开来后，使用在 ImageNet 上预训练的 ResNet 模型提取肿瘤图块的特征。采用基于注意力的池化将瓦片级特征聚合到切片级表示中。 INSIGHT 的肿瘤斑块分类曲线下面积 (AUC) 为 0.985。
• 专家病理学家和 INSIGHT 给出的肿瘤细胞分数的 Spearman 相关系数为 0.7909。 WiseMSI 的特异性为 94.7%（95% 置信区间 [CI] 93.7%-95.7%），灵敏度为 84.7%（95% CI 82.6%-86.9%），AUC 为 0.954（95% CI 0.948-0.960） )。
• 对比分析表明，该方法比其他五种经典的深度学习方法具有更好的性能。

肿瘤转移亚型

Pan-cancer molecular subtypes of metastasis reveal distinct and evolving transcriptional programs. Cell Rep Med. full pdf

关注Methods

• 癌症转移的分子机制跨越不同的起源组织。在这里，我们合成并整理了源自患者的异种移植物和患者肿瘤转移的转录组，这些数据共同代表了 38 项研究以及 3,000 多名患者和 4,000 个肿瘤。
• 我们确定了四种基于表达的超越肿瘤谱系的转移亚型。第一个亚型具有广泛的拷贝改变、MYC 转录靶标和 DNA 修复基因的更高表达以及溴结构域抑制剂反应关联。第二个亚型具有较高的涉及代谢和前列腺素合成和调节的基因表达。第三种亚型具有神经元分化、DNA 和组蛋白甲基化基因和 EZH2 转录靶点的更高表达以及 BCL2 抑制剂反应关联的证据。第四种亚型具有更高的免疫检查点和Notch通路基因表达。
• 转移亚型反映了与配对原发灶的表达差异，亚型转换很常见。这些亚型有助于理解组织导向域以外的转移的分子基础，具有治疗意义。

综述类

环境暴露组学与疾病发展

Molecular mechanisms of environmental exposures and human disease. Nat Rev Genet

• 常见复杂疾病的很大一部分疾病风险可归因于环境暴露和污染物。了解环境污染物如何作用于我们的细胞以产生有害的健康影响，使我们对慢性疾病（包括癌症和心血管疾病、神经退行性疾病和呼吸系统疾病）发病机制的分子机制的理解取得了进展。
• 在这里，我们讨论了关于环境污染物与人类基因组和表观基因组相互作用的新兴研究。我们回顾了通过表观遗传修饰（包括 DNA 甲基化、组蛋白修饰和非编码 RNA）显示环境对基因表达影响的证据。
• 我们还强调了最近的研究，这些研究评估了最近发现的分子过程，环境可以通过这些过程发挥其作用，包括细胞外囊泡、表观转录组和线粒体基因组。
• 最后，我们讨论了研究暴露组时的当前挑战——环境影响在整个生命周期中的累积测量——及其与未来环境健康研究的整合。

靶向肿瘤细胞与TME调控

Mechanisms driving the immunoregulatory function of cancer cells. Nat Rev Cancer

• 肿瘤在免疫细胞的空间分布、组成和激活状态方面表现出惊人的变化，这会影响它们的进展和对免疫疗法的反应。阐明控制肿瘤微环境中免疫细胞多样性和功能的机制将为开发更有针对性的免疫调节策略铺平道路，造福癌症患者。癌细胞凭借其旁分泌和近分泌通讯机制，是免疫环境中肿瘤间异质性的关键因素。
• 在这篇综述中，我们讨论了癌细胞的内在特征，包括 (表观) 遗传畸变、信号通路失调和代谢改变，如何在协调免疫景观的组成和功能状态中发挥关键作用，并影响免疫调节的治疗益处策略。
• 此外，我们强调了靶向癌细胞内在参数或其下游免疫调节通路如何成为操纵肿瘤免疫环境以支持抗肿瘤免疫的可行策略。

神经胶质瘤的二代APC免疫疗法

Next-generation antigen-presenting cell immune therapeutics for gliomas. J Clin Invest

• 抗原呈递机制和专职抗原呈递细胞 (APC) 是针对癌症的有效免疫反应的基础，尤其是在以 T 细胞为中心的免疫疗法中。树突状细胞 (DC) 是金标准 APC，在启动和维持高效的抗原特异性适应性免疫方面起着至关重要的作用。
• 近几十年来，来自循环 CD14+ 单核细胞的离体分化 DC 已成为基于 APC 的免疫疗法的参考。载有肿瘤相关抗原、合成肽或 RNA 的 DC 激活具有抗肿瘤特性的 T 细胞。该策略为开发替代抗原呈递疫苗接种策略铺平了道路，例如单核细胞、B 细胞和人工 APC，这些策略已在临床前癌症模型中显示出有效的治疗效果。
• 寻找替代 APC 平台的开始是由于 DC 疫苗的总体临床影响有限，特别是在神经胶质瘤等适应症中，神经胶质瘤是一种原发性脑肿瘤，已知对任何免疫干预都有抵抗力。
• 在这篇综述中，我们在原发性脑肿瘤的背景下浏览了 APC 免疫疗法的过去、现在和未来。

多组学助力CAR-T治疗

Advancing CAR T cell therapy through the use of multidimensional omics data. Nat Rev Clin Oncol

• 尽管嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞疗法在治疗某些血液恶性肿瘤方面取得了显著成功，但在优化 CAR 设计和细胞产品、提高反应率、延长缓解的持久性、降低毒性和扩大这种疗法的效用方面仍然存在挑战其他癌症类型的治疗方式。
• 来自多维组学分析的数据，包括基因组学、表观基因组学、转录组学、T 细胞受体库分析、蛋白质组学、代谢组学和/或微生物组学，提供了独特的机会来剖析 CAR T 细胞的复杂和动态多因素表型、过程和反应以及发现新的肿瘤靶点和耐药途径。
• 在这篇综述中，我们总结了多维细胞和分子谱分析技术，这些技术已被用于推进我们对 CAR T 细胞疗法的机制理解。此外，我们讨论了利用多组学数据确定最佳靶抗原和其他分子特征的当前应用和潜在策略，这些特征可用于增强抗肿瘤活性并最大限度地降低 CAR T 细胞疗法的毒性。
• 事实上，充分利用多组学数据将为 CAR T 细胞疗法的生物学提供新的见解，进一步加速开发具有更高疗效和安全性的产品，并使临床医生能够更好地预测和监测患者的反应。

推动肿瘤组学应用于个体化治疗

Accelerating cancer omics and precision oncology in health care and research: a Lancet Oncology Commission – The Lancet Oncology

• 我们在开发针对越来越多癌症类型中特定分子弱点的癌症治疗方法方面取得了实质性进展。
• 对复杂的基因组学、转录组学和代谢组学（称为组学）图谱的审视，与全面的临床数据相结合，代表了重要的下一步，为癌症预防、诊断和治疗的选择性方法的开发和应用提供信息。
• 然而，由于监管、财务、后勤、教育和临床方面的障碍，世界各地的大多数癌症患者，尤其是生活在资源有限环境中的患者，无法获得分子检测和靶向治疗。这种普遍的不可及性导致国家内部和国家之间存在巨大的健康差异，并且由于对基于生物标志物的临床试验和转化研究计划的访问受限，阻碍了对新的预防和治疗机会的调查。
• 除了癌症分子检测的不足之外，治疗发展还受到有关反应和耐药机制的关键数据稀缺的限制。

男性乳腺癌的组学文献综述

Defining genomic, transcriptomic, proteomic, epigenetic, and phenotypic biomarkers with prognostic capability in male breast cancer: a systematic review – PubMed (nih.gov). Lancet Oncol

角度不错，看看全文！

• 尽管表型相似，但有证据表明男性和女性乳腺癌的分子景观不同。在这篇系统综述中，我们整合了男性乳腺癌所有现有的预后生物标志物数据，包括遗传学、转录组学、蛋白质组学和表观遗传学，以及 29 年期间（1992 年 3 月 16 日至 5 月 1 日）发表的文章中具有预后价值的表型特征, 2021)。
• 我们确定了现有文献中的知识差距，讨论了纳入研究的局限性，并概述了男性乳腺癌转化生物标志物发现和验证的潜在方法。
• 我们还认识到 STC2、DDX3 和 DACH1 是乳腺癌男性特异性预后价值未充分开发的标志物。
• 最后，除了描述广泛研究的标志物雌激素受体-α、孕激素受体、HER2、雄激素受体和 BRCA2 的累积知识外，我们还强调了 ATM、CCND1、FGFR2、GATA3、HIF1-α、MDM2、TP53 和 c-Myc以及与癌症的几个标志相一致的不良生存率的研究预测因素。

肺癌与人工智能

Integration of artificial intelligence in lung cancer: Rise of the machine. Cell Rep Med

• 肿瘤学的目标是在不牺牲患者生活质量的情况下，通过目前可用的治疗方法提供尽可能长的生存结果。在肺癌中，患者诊断和治疗过程中的几个数据点与精准医学形式的优化结果相关，而人工智能 (AI) 提供了使用从分子信息到放射组学的可用数据的机会，结合患者和肿瘤特征，帮助临床医生提供个体化护理。
• 通过这样做，人工智能可以帮助创建模型以在诊断早期识别癌症，并根据可用信息提供量身定制的治疗，无论是在诊断时还是在他们接受治疗时实时进行。
• 这篇综述的目的是总结当前针对肺癌的 AI 文献，以及它如何应用于多学科团队照顾这些复杂患者。

肝癌

Global epidemiology and genetics of hepatocellular carcinoma. Gastroenterology

新加坡国家癌症中心-癌症遗传学服务的团队

• 肝细胞癌 (HCC) 是全球主要癌症之一。传统上，HCC 在遗传易感个体中发展，这些个体暴露于风险因素，尤其是在存在肝硬化的情况下。 HCC 及其病因存在显着的时间和地理差异。
• 随着时间的推移，HCC 的负担已经从低中等社会人口学指数区域转移到高社会人口指数区域，反映了从病毒原因到非病毒原因的转变。
• 从地理上看，肝炎病毒在亚洲和非洲是 HCC 的主要病因。虽然遗传条件会增加患 HCC 的风险，但这些诊断在北美和欧洲以外很少被认可。
• 在这篇综述中，我们将评估 HCC 的流行病学趋势和危险因素，并讨论 HCC 的遗传学，包括单基因疾病、单核苷酸多态性、肠道微生物组和体细胞突变。

遗传性弥漫性胃癌

Hereditary Diffuse Gastric Cancer. Gastroenterology

新西兰奥塔哥大学生物化学系-转化癌症研究中心-癌症遗传学实验室的Lyvianne Decourtye-Espiard。

• 遗传性弥漫性胃癌 (HDGC) 是一种显性遗传的癌症综合征，其特征是弥漫性胃癌 (DGC) 和小叶性乳腺癌 (LBC) 的发病率较高。 HDGC 是由参与上皮粘附连接复合体的两个基因 CDH1 和 CTNNA1 的种系突变引起的。
• 在这里，我们讨论了 HDGC 的遗传学及其临床表型的变异性，特别是晚期 DGC 和 LBC 在家庭内部和家庭之间的可变外显率。我们回顾了疾病的病理学、肿瘤发生的机制及其自然病程。
• 最后，我们描述了 HDGC 临床管理的当前最佳实践，包括用于识别新家族的新兴基因检测标准、内窥镜监测方法、与预防性手术相关的并发症、术后生活质量和新兴的 HDGC 化学预防领域。

流行病学类

• 暂无。