前言

经典归档页面请访问时光轴。可到关于页面（涉及如何更快/更流畅地使用本博客）和对话页面了解苯苯。

本页面用于梳理博客学习路线，在未来可预期的计划中，本文将是唯一置顶文章，以方便用户进行博客文章的查看。如果你想系统地了解Linux基础、Docker、图床、NextCloud、WordPress、RSS等主题系列，可按此文推荐的顺序进行了解。通常而言，如果你想尝试本文的一些实操教程，则必须要对“Linux基础”栏目的知识有较好的掌握，否则其它实操教程的使用必然困难重重。如果你以前从未了解过RSS（特别是科研工作者）并且对使用Docker有所了解，强烈推荐看本页面RSS部分所罗列的文章！如果你是RSS老用户，可以通过 https://blognas.hwb0307.com/feed 订阅本博客文章更新，这是完全免费的！另外，我觉得比较有特色的文章，会用(～￣▽￣)～进行特别标记，各位大佬可以多加关注。有改进意见的小伙伴欢迎在评论区留言批评指正或者加Telegram群讨论！也可以到本博客《白皮书》看下，为博客发展献谋划策！

对GPT-4、Claude-3.5-Sonnet、LLama 3.1等大规模语言模型（LLM）感兴趣的小伙伴可阅读《Docker系列 开源大语言模型UI框架LobeHub》，轻松玩转自己的LLM应用！

很多小伙伴问到Argon主题的特效/样式设置问题，其答案往往隐藏在《 Docker系列 WordPress系列 特效 》一文中，其包含所有本博客曾经/正在使用的各种css/js/html样式；对于想进一步装饰argon主题的小伙伴而言是不可错过的好文！

本博客所有文章都是基于苯苯主持开发的m2w项目进行创作，具体见《Docker系列 WordPress系列 WordPress上传或更新Markdown的最佳实践-m2w 2》。

本博客由VPS厂商Faconhost的大力赞助，真的非常感谢！小伙伴也可以看看“苯苯推荐”的内容，希望有您喜欢的产品喔！希望可以多多支持苯苯 (ฅ´ω`ฅ)

苯苯福利

• 执医操作考笔记：研一临床小伙伴专用，当做小抄带在身边，还是不错滴 ヾ(≧∇≦*)ゝ
• 苯苯牌随机图API：静态随机图API链接为https://imgapi.hwb0307.com（旧APIhttps://blognas.hwb0307.com/imgapi/index.php将不再维护）。如果你想使用我的自建随机图API，可在留言板留下你的博客网址并注明申请随机图API，我将你的网站加入白名单后即可正常使用。
• github.com/huangwb8：苯苯的Github主页，有一些自己开发的小工具（比如m2w、 ChineseResearchLaTeX 啥的）。可以探索下，帮忙点个Star是最好不过了 ୧(๑•̀⌄•́๑)૭
• Alist直链平台：集中托管在本博客分享的资源。大家也可以自由地探索一下。
• 阅后即焚：在线匿名分享应用，临时传送代码/文件的神器！
• 手绘白板：中英文、表格、图形、图片等全手绘化！随心所欲地表达想法！
• 转载 揭开美国顶尖生物医学实验室成功的法宝：科研出奇制胜的方法论和实践经验。十分推荐一看！
• 如何优雅地选择配色？：选择心仪的颜色！
• 本博客学习内容的基本介绍视频：

技术版

专门为零基础的初学者设计的编程、建站相关教程。核心知识为Linux/Docker。

Linux基础

• Linux基础 我是怎么与Linux系统结下不解之缘
• Linux基础 Linux系统和Window系统有什么区别
• Linux基础 学习Linux前要准备什么
• 号外！Typora，地表最强Markdown编辑器之一！：每一个刚刚开始了解编程的人都应该看一下。
• (～￣▽￣)～ VSCode作为终端工具替代FinalShell和MobaXterm？：每一个刚刚开始编程的人都应该看一下。
• (～￣▽￣)～ Linux基础 Windows Terminal终端和Filezilla FTP客户端：如果您是一个新手，推荐按该方案配置学习Linux时用的终端和FTP软件。
• Linux基础 运行人生的第一个linux命令
• Linux基础 社区支持
• Linux基础 简单地使用Vim编辑器
• Linux基础 装饰你的Shell：介绍htop等比较实用的Linux小工具。
• (～￣▽￣)～ Linux基础 个人VPS安全：非常重要，每一个有自己Linux服务器的小伙伴都应该看一下。
• Linux基础 目录管理的个人实践
• Linux基础 基于密钥对的SSH远程登陆：非常重要，每一个有自己Linux服务器的小伙伴都应该看一下。
• Linux基础 介绍Conda
• (～￣▽￣)～ Linux基础 实用Linux命令一览表

Docker

数据库升级： Docker系列 升级MYSQL数据库

• Docker系列 学习Docker之前
• Docker系列 配置Docker全局环境
• (～￣▽￣)～ Docker系列 了解Docker Compose的配置文件：了解docker-compose.yml的简易教程。
• Docker系列 两大神器NPM和ddns-go的安装
• Docker系列 用Portainer管理Docker应用
• (～￣▽￣)～ Docker系列 搭建密码管理应用bitwarden：本博客最重要的文章之一。
• (～￣▽￣)～ Docker系列 搭建自动备份服务duplicati：本博客最重要的文章之一。
• (～￣▽￣)～ Docker系列 搭建个人图床chevereto
• Docker系列 在markdown中使用chevereto
• Docker系列 搭建个人云盘服务nextcloud：低性能Linux主机的最佳选择。
• Docker系列 搭建nextcloud-fpm + nginx网络服务器：高性能Linux主机的最佳选择。
• Docker系列 使用Easyimage2.0图床并优雅地迁移chevereto图片
• Docker系列 家庭影音 使用种子下载器transmission
• Docker系列 家庭影音 用Emby管理影音
• Docker系列 你需要个人博客吗
• Docker系列 搭建WordPress个人博客
• Docker系列 通过umami监控网站流量
• Docker系列 Uptime Kuma监测网站连通性
• Docker系列 安装个人RSS服务TTRSS 手机完美适配
• Docker系列 利用RSShub搭建个人RSS源 从此万物皆RSS
• Docker系列 通过liuli搭建微信公众号的RSS源
• Docker系列 通过FRP实现内网穿透（非最佳实践）。FRP推荐使用此教程：使用FRP进行内网穿透的最佳实践。
• (～￣▽￣)～ Docker系列 阅后即焚公共平台Privatebin
• Docker系列 Wallabag助力个性化网页RSS化
• (～￣▽￣)～ Docker系列 酷炫的服务器性能监测工具netdata
• Docker系列 头脑风暴专用手绘图应用excalidraw
• Docker系列 自建代码托管和版本控制平台Gogs
• Docker系列 搭建支持WebDav的网盘聚合平台Alist
• (～￣▽￣)～ Docker系列 基于OpenAI API和Access Token自建ChatGPT：已经过期的教程。推荐：Docker系列 开源大语言模型UI框架LobeHub。
• Docker系列 安装RStudio和R语言：专业人士用。普通小伙伴可忽略。
• Docker系列 用Joplin系统地组织和记录笔记：一个自建笔记系统。Joplin对于学生党来说可能是重要的。

NAS

记录折腾和升级NAS的心得。除了Linux/Docker基础，本系列的前置知识还包括：《了解IP地址》

• NAS系列 为什么你需要一台NAS？
• (～￣▽￣)～ NAS系列 硬件选择：NAS硬件的选择策略以及我的最终方案
• NAS系列 硬件组装：展示一些装机的细节和注意事项
• NAS系列 准备安装PVE系统：完善一些软件/硬件上的准备工作。
• NAS系列 PVE基本设置：安装完PVE系统后进行一些简单设置。
• NAS系列 PVE的节点选项：了解常用的PVE节点选项，特别是PVE与众不同的存储。
• NAS系列 OpenWrt系列 在PVE中搭建OpenWrt虚拟机：OpenWrt搭建、硬盘挂载和Docker配置。
• (～￣▽￣)～ NAS系列 OpenWrt系列 基于Clash内核的策略分流方案：讲解了Clash内核的基本设置和原理，但并未涉及具体操作。
• (～￣▽￣)～ NAS系列 OpenWrt系列 基于多ADGuard Home实现DNS分流和个性化管理：讲解了多ADGuard Home的设置原理和实现（基于Docker）。
• NAS系列 OpenWrt系列 OpenWrt的DNS设置：包含一些简单的OpenWrt配置操作。
• NAS系列 安装OpenMediaVault虚拟机：介绍OMV虚拟机配置、安装过程、重要插件/软件使用、存储器/服务。
• NAS系列 配置OpenMediaVault的ZFS阵列和共享服务：配置OMV和ZFS。
• NAS系列 安装LXC容器和配置影视系统：Jellyfin、transmission、nas-tool和IYUUPlus相关教程。
• NAS系列 PCDN系列 网心云之容器魔方：一款配合家庭宽带使用的基础PCDN应用的相关教程。适合没有PVE等虚拟机环境但有Docker使用经验的小伙伴。
• NAS系列 PCDN系列 网心云之x86专业版：一款配合家庭宽带使用的进阶PCDN应用的相关教程。适合有PVE等虚拟机环境的小伙伴。不需要Docker。

RSS

• 解决信息爆炸困扰的完美方案——RSS
• (～￣▽￣)～ Docker系列 安装个人RSS服务TTRSS 手机完美适配
• Docker系列 利用RSShub/Radar搭建个人RSS源 从此万物皆RSS
• Docker系列 Wallabag助力个性化网页RSS化
• Docker系列 深度使用nextcloud（七） 在nextcloud使用RSS订阅
• Docker系列 通过liuli搭建微信公众号的RSS源
• (～￣▽￣)～一种有效的基于VPS和RSS的科研小白文献阅读策略

图床

• (～￣▽￣)～ Docker系列 搭建个人图床chevereto
• Docker系列 在markdown中使用chevereto
• (～￣▽￣)～ 终极截图王ShareX支持webp：ShareX是一款十分优秀的免费截图工具，功能十分强大。本教程几乎所有的截图都是基于ShareX制作的！
• Docker系列 深度使用nextcloud（三）Typora图床
• (～￣▽￣)～ Docker系列 使用Easyimage2.0图床并优雅地迁移chevereto图片

WordPress

使用Cloudflare的小伙伴可以看此文：简单介绍Cloudflare和常用配置，其中还介绍了使用Cloudflare进行邮箱路由的方案。

• Docker系列 WordPress系列 你需要个人博客吗
• Docker系列 WordPress系列 搭建WordPress个人博客
• Docker系列 WordPress系列 更新WordPress：包括以Akismet反垃圾评论插件为例示范插件更新。
• Docker系列 WordPress系列 安装WP Githuber MD
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 WordPress上传或更新Markdown的最佳实践。2022-12-03更新了m2w 2.0教程，十分推荐喔！
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 将WordPress博文批量转发至其它平台
• Docker系列 WordPress系列 WordPress目录结构：关于php.ini、wp-config、wp-content等常用文件（目录）的介绍。
• Docker系列 WordPress系列 选心仪的WordPress主题
• Docker系列 WordPress系列 配置argon主题：代码高亮和一键快速设置Argon主题的相关教程。
• Docker系列 WordPress系列 WordPress的菜单
• Docker系列 WordPress系列 WordPress小工具
• Docker系列 WordPress系列 WordPress页面：Argon主题的留言板、说说、友情链接等特殊页面的设置方法。
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 特效：包含所有本博客曾经/正在使用的各种css/js/html样式。对于想进一步装饰argon主题的小伙伴而言是不可错过的好文！
• Docker系列 WordPress系列 自建随机图API之静态壁纸：博客壁纸可以随机切换的秘诀！这里壁纸教程： 如何制作一张好的博客壁纸。不进来看看嘛？
• Docker系列 WordPress系列 自建随机图API之动态壁纸：博客动态壁纸随机切换的无上法则！走过路过千万别错过！
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 国服最强博客看板娘没有之一
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 动态对话页面
• Docker系列 WordPress系列 安全插件
• Docker系列 WordPress系列 个人博客的SEO
• Docker系列 WordPress系列 WP Mail SMTP插件：评论、留言、回复、VIP充值等资讯实时发送至邮箱！
• Docker系列 WordPress系列 缓存插件WP Super Cache
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 通过Cloudflare Workers加速WordPress博客：本博客访问速度如此之快的秘诀！
• Docker系列 WordPress系列 通过DogeCloud CDN托管静态资源：加快壁纸等静态资源的访问！
• (～￣▽￣)～ Docker系列 WordPress系列 其它设置：关于插件（Add From Sever/WP Telegram/WP External Links/固定链接/版本控制/Popular Post等）、Gravatar头像、RSS字数限制等设置的补充说明，也是很实用滴！
• Docker系列 WordPress系列 个人博客的广告展示
• Docker系列 WordPress系列 VIP订阅：关于多用户与行为限制的测试。设置细节可见：Docker系列 WordPress系列 基于ErphpDown的VIP订阅。如果您也像我一样想在WordPress博客搞个VIP收费，可以试试看！

Nextcloud

Nextcloud是一个平台级应用，功能复杂多样，所以需要系列文章对其进行描述。

• 低性能主机可选择：Docker系列 搭建个人云盘服务nextcloud-apache。高性能主机可选择：Docker系列 搭建nextcloud-fpm + nginx网络服务器；如果是正式使用场景，这种方法也更推荐，扩展性更强。
• Docker系列 深度使用nextcloud（一）了解Nextcloud
• Docker系列 深度使用nextcloud（二）Nextcloud界面与设置
• Docker系列 深度使用nextcloud（三）Typora图床
• Docker系列 深度使用nextcloud（四）onlyoffice
• Docker系列 深度使用nextcloud（五）CardDAV
• Docker系列 深度使用nextcloud（六）在博客中嵌入视频：干货中的干货。 看了就知道了！
• Docker系列 深度使用nextcloud（七） 在nextcloud使用RSS订阅
• Docker系列 深度使用nextcloud（八） 预览压缩文件
• (～￣▽￣)～强烈推荐！ Docker系列 深度使用nextcloud（九） 硬盘挂载：让Nextcloud像C盘一样挂载到Windows里！此外，你应该会对该教程感兴趣《Docker系列 搭建支持WebDav的网盘聚合平台Alist》。
• Docker系列 深度使用nextcloud（十）升级nextcloud：技术较好的小伙伴可以看看！
• Docker系列 尝试使用nextcloud（十）迁移Nextcloud：将Nextcloud转移到新设备时应该要看的一篇文章！
• Docker系列 深度使用nextcloud (十一) 特效：Nextcloud的额外CSS，个性化定义样式很方便！

科研版

与科研密切相关的栏目。个人风格比较强烈。

实用网站

• 学术型搜索引擎
  • Lumina: The AI Search Engine for Research
  • Semantic Scholar | AI-Powered Research Tool
  • OpenAlex: The open catalog to the global research system

• Science在2018年发布的全世界最前沿的125个科学问题
• Mathpix：可以将markdown转化为doc的平台。

• R语言入门
  • R for Data Science (2e)：学习 R 进行数据分析，包括结构转化、转换、可视化。基于Tidyverse生态，具有可读性强的代码形式。
  • Introduction to data.table：学习如何使用data.table快速、内存高效地操作数据。
  • Introduction to Data Science：一个在线网站，其介绍了可以帮助您应对现实世界数据分析挑战的技能。其中包括 R 编程、使用 dplyr 进行数据整理、使用 ggplot2 进行数据可视化、使用 UNIX/Linux shell 进行文件组织、使用 Git 和 GitHub 进行版本控制，以及使用 Quarto 和 knit 进行可重复的文档准备。本书分为四个部分：R、数据可视化、数据整理和生产力工具。每个部分都有几个章节，旨在作为一个讲座进行呈现，并包括分布在各个章节中的数十个练习。

• Collaborative Bioinformatics Research Lab – Heersink School of Medicine：协作生物信息学研究实验室的目标是为数据分析、工作流程开发和咨询提供高质量的现代生物信息学研究解决方案。
• (～￣▽￣)～ Connected Papers | Find and explore academic papers：指定文献的相关文献。综述利器 (ฅ´ω`ฅ)
• 山东大学生物信息学：生物信息学入门视频教程。
• 2021哈佛大学生物信息学与计算生物学：刘小乐教授关于bioinformatics的视频教程。
• Bioinformatics Workbook：一个免费的帮助科学家设计项目和分析数据的教程。
• SciRev：可供研究者分享、查看期刊投稿经验的平台，从而提高研究者的投稿效率。
• 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）：我国科研人员搭建的生物信息中心。前身是“中科院北京基因组研究所”，助力全球生物信息的汇交、 存储、 管理及生物信息前沿交叉研究与转化应用。
• CGGA – Chinese Glioma Genome Atlas：国产数据库——中国脑胶质瘤基因组图谱计划
• 学者网-SCHOLAT：一个学术社交网络服务网站，旨在推动科研工作者的交流合作。提供学术信息管理、文献检索、学术网盘、教学课程管理以及学者交流等服务。
• R语言与生物信息学： 一个由BioLadder开发并维护的关于R/生物信息学的简单在线文档。对于初学者来说有一定参考作用。
• LaTeX公式编辑器：可视化操作LaTeX公式编辑。值得推荐！
• RPubs：Easy web publishing from R; Write R Markdown documents in RStudio. Share them here on RPubs. (It’s free, and couldn’t be simpler!) RMarkdown发表流程。
• MathB.in：一个数学公式的分享网站，你用 LaTex 和 Markdown 输入公式，它会生成一个网址，你可以分享给其他人。
• 苏洋博客：编程和AI技术的博主

前沿快讯

近期生物医学-肿瘤领域的某些研究的集锦

• 前沿快讯 第72期 从广泛蛇毒暴露史的高度免疫的人类供者中分离出广谱中和抗体等
• 前沿快讯 第71期 Pou2f3+上皮细胞是小鼠气道保护性反射的化学感受器等
• 前沿快讯 第70期 套索肽抗生素拉里奥西丁及其衍生物具有广谱抗菌活性等
• 前沿快讯 第69期 通过反向传播LLM生成的反馈来优化AI系统等
• 前沿快讯 第68期 工程化嗜乳酸杆菌可以经鼻内给药为小鼠大脑输送药物等
• 前沿快讯 第67期 大规模多语言和多模态机器翻译系统等
• 前沿快讯 第66期 通过单个RNA分子的AFM图像确定其三维拓扑结构等
• 前沿快讯 第65期 皮肤共生菌可以诱导强烈持久的特异性抗体反应等
• 前沿快讯 第64期 表达IL-15的GPC3-CAR T细胞对GPC3+实体恶性肿瘤有显著效果等
• 前沿快讯 第63期 人类细胞图谱等
• 前沿快讯 第62期 大语言模型Evo可在分子到基因组尺度进行预测和生成任务等
• 前沿快讯 第61期 体内进行肿瘤细胞向cDC1样细胞的重编程等
• 前沿快讯 第60期 设计内吞诱导结合蛋白促进膜受体通过内吞和溶酶体途径降解等
• 前沿快讯 第59期 细菌通过反转录lncRNA生成重复cDNA以编码毒性蛋白从而限制噬菌体感染等
• 前沿快讯 第58期 肿瘤相关GTPase成员大部分具有可靶向的switch II口袋等
• 前沿快讯 第57期 光神经网络的完全前向模式训练等
• 前沿快讯 第56期 超轻型微型飞行器靠阳光驱动持续飞行等
• 前沿快讯 第55期 通过快速移动的恒星推测半人马座 ω 的中等质量黑洞等
• 前沿快讯 第54期 基于甲糖反应的化学储层计算机等
• 前沿快讯 第53期 JAK抑制剂增益肿瘤anti-PD-1疗效等
• 前沿快讯 第52期 单细胞转录组学基础模型scFoundation等
• 前沿快讯 第51期 核糖体蛋白 Rpl20b 是 PD-L1 的真菌蛋白配体等
• 前沿快讯 第50期 亲代微生物群扰动影响子代健康等
• 前沿快讯 第49期 0.05T全身磁共振成像技术等
• 前沿快讯 第48期 使用 RoseTTAFold All-Atom 进行广义生物分子建模和设计
• 前沿快讯 第47期 临床预测模型的普遍性可能很有限
• 前沿快讯 第46期 应激颗粒堵塞并稳定受损的内溶酶体膜等
• 前沿快讯 第45期 caspase-4非经典炎症小体可识别并加工IL-18前体等
• 前沿快讯 第44期 HHV-6 病毒在 CAR-T 细胞中重激活等
• 前沿快讯 第43期 用于高速视觉任务的全模拟光电芯片等
• 前沿快讯 第42期 异种移植的人源化猪供体的设计和测试等
• 前沿快讯 第41期 组装理论解释并量化自然选择和进化
• 前沿快讯 第40期 声音学习与大脑性能存在密切关联等
• 前沿快讯 第39期 midnolin-蛋白酶体途径是一种不依赖泛素的蛋白质降解机制等
• 前沿快讯 第38期 人核基因组似乎可以调控线粒体DNA拷贝数等
• 前沿快讯 第37期 靶向Netrin-1调节EMT抑制肿瘤生长等
• 前沿快讯 第36期 转录表观遗传邻近化学诱导剂介导细胞凋亡等
• 前沿快讯 第35期 记录脑部微米级脉管系统的超柔性血管内探针等
• 前沿快讯 第34期 食物过敏相关免疫调节回避行为等
• 前沿快讯 第33期 利用3D神经网络进行准确的中期全球天气预报等
• 前沿快讯 第32期 跨真核物种的基因转移机制等
• 前沿快讯 第31期 癌细胞丢失Y 染色体后可诱导适应性免疫抑制等
• 前沿快讯 第30期 深度强化学习发现更快的排序算法等
• 前沿快讯 第29期 寿命控制转录程序的跨物种保守性等
• 前沿快讯 第28期 细菌特异性肽-HLA作用激活胶质母细胞瘤免疫等
• 前沿快讯 第27期 微核粉碎染色体的有丝分裂聚集等
• 前沿快讯 第26期 原则性mRNA设计算法LinearDesign等
• 前沿快讯 第25期 抗体编码序列中的中尺度DNA特征促进体细胞超突变等
• 前沿快讯 第24期 去分化将黑素细胞干细胞维持其动态生态位等
• 前沿快讯 第23期 关于TRACERx队列的系列研究进展等
• 前沿快讯 第22期 全新人类参考基因组T2T-CHM13等
• 前沿快讯 第21期 可编程人体蛋白质输送装置eCIS等
• 前沿快讯 第20期 交换的遗传密码可防止病毒感染和基因转移等
• 前沿快讯 第19期 肽标签驱动的小分子配体发现等
• 前沿快讯 第18期 诱导多能干细胞揭示蝙蝠的强病毒耐受力等
• 前沿快讯 第17期 降低亲和力作为增强免疫调节抗体激动作用的策略等
• 前沿快讯 第16期 B细胞滤泡蛋白酶活性与抗原完整性等
• 前沿快讯 第15期 CD指数与科学研究的突破性等
• 前沿快讯 第14期 SARS-Cov-2体内组织分布的广泛性等
• 前沿快讯 第13期 基于天然光合作用系统的退行性疾病治疗等
• 前沿快讯 第12期 RNA引导的蛋白质裂解等
• 前沿快讯 第11期 人干细胞衍生的皮质类器官移植到大鼠脑皮层等
• 前沿快讯 第10期 强化学习改良矩阵乘法算法等
• 前沿快讯 第9期 PD-1+IL-2联合治疗重编程耗竭CD8+T细胞等
• 前沿快讯 第8期 蛋白质靶向水解等
• 前沿快讯 第7期 深度学习与蛋白质序列设计等
• 前沿快讯 第6期 肠道RORγt+ 细胞与Treg分化等
• 前沿快讯 第5期 非病毒特异性CAR-T细胞等
• 前沿快讯 第4期 冷暴露激活棕色脂肪产生抗肿瘤效应等
• 前沿快讯 第3期 抗PD-1治疗与流感疫苗反应等
• 前沿快讯 第2期 γδ T细胞的两面性等
• 前沿快讯 第1期 睡眠与肿瘤转移等

文献精读

关注生物医学-肿瘤领域的近期研究。不一定是最好的论文，笔记也不一定完全准确。纯个人栏目，不喜勿喷！

• 文献精读 第6期 γδ T 细胞功能的时间特异性
• 文献精读 第5期 线粒体RNA修饰与代谢可塑性
• 文献精读 第4期 昼夜节律与肿瘤转移
• 文献精读 第3期 铁自噬与胰腺癌RAS-MAPK抑制耐受
• 文献精读 第2期 靶向cGAS-STING-IL6治疗CIN肿瘤
• 文献精读 第1期 SMYD5在启动子区域催化H3K36的三甲基化
• 文献精读 栏目介绍

经典精读

读一些最经典的医学/生物学文献，甚至有些年代很久远，一般都是写进教科书里面的久经考验的成果。

• 经典精读 第1期 NTCP是HBV和HDV的功能性受体

观点与讨论

记录一些启发性的医学/生物学/天文学讨论

• Should researchers use AI to write papers? Group aims for community-driven standards | Science | AAAS：关于是否应该在研究论文中使用AI工具的讨论，目前的状态是还没有在学术界达成广泛共识。
• FDA approves first MASH drug | Nature Biotechnology：Madrigal Pharmaceuticals 的 Rezdiffra (resmetirom) 获得了加速批准，用于治疗代谢功能障碍相关性脂肪性肝炎 (MASH, 以前称为非酒精性脂肪性肝炎, NASH)。
• Startups probe hidden viruses in the ‘dark genome’ to treat disease | Nature Biotechnology：人类基因组中类古病毒产物（ancient virus-like artifacts）可以为利用抗体、疫苗和抗逆转录病毒药物治疗神经退行性疾病、癌症、自身免疫甚至衰老提供新途径。
• First gene-edited pig kidney transplant | Nature Biotechnology：eGensis公司开发的基因编辑猪用于人类器官移植手术。
• Video game unleashes millions of citizen scientists on microbiome research | Nature Biotechnology :《无主之地科学》（Borderlands Science）是一款在大众市场视频游戏中发布的休闲迷你游戏，众包比对来自人类微生物组的 100 万条 RNA 序列。 3 年内，400 万参与者生成了超过 1.35 亿个谜题解决方案，用于构建参考比对并改善微生物系统发育。非常有趣。
• Deploying blood-based cancer screening | Science讨论了泛癌早筛技术结合AI技术的机遇与挑战。
• Toward the eradication of medical diagnostic errors | Science讨论了AI在减少临床误诊方面的潜力。
• AI is transforming how science is done. Science education must reflect this change. | Science提到了AI时代人类科学教育的一引未思考。
• Clinicians raise concerns over pilot of blood test for multiple cancers：临床医生对 Grail 公司的多种癌症的血液检测试点（产品是Galleri）表示担忧，该产品关注的是multi-cancer early detection (MCED) 领域。
• ‘Surprising and super cool.’ Quantum algorithm offers faster way to hack internet encryption | Science | AAAS：讨论了Regev或Shor算法对互联网安全性和对量子密码学发展的潜在影响。
• Hair loss treatments take aim at the immune system | Nature Biotechnology描述了JAKi可用于治疗自身免疫相关脱发的治疗，可能也有助于解决雄激素性脱发。
• Drugs catch a ride through the blood–brain barrier | Nature Biotechnology描述了近期类似DNL310之类的药物可以通过血脑屏障，并讨论了有趣的相关机制。
• Four ways research aims to outwit cancer’s evasion tactics讨论了几种治疗肿瘤的高效策略。
• Another setback for cancer research in the UK | The BMJ：讨论了英国国家癌症研究所 (NCRI)被关停一事可能发生的恶劣影响。
• Unanswered questions about the causes of obesity | Science：讨论了一些与肥胖相关的疑难问题。
• Chemists convert electricity into the fuel that powers the body’s cells | Science | AAAS描述了一种化学方案，可以在人细胞中实现将电能直接转化为ATP（一种细胞能量的“通用货币”）
• The VolREthics initiative to protect the well-being of healthy volunteers in biomedical research | Nature Medicine讨论了旨在保护生物医学研究中健康志愿者福祉的VolREthics 倡议。
• (～￣▽￣)～ We need a genomics-savvy healthcare workforce | Nature Medicine：讨论了精通基因组学的医师在临床诊疗中的重要作用。应仔细思考该场景。
• The new cell theory | Science：作者讨论了现在的生物学家的研究模式偏向于以生物分子为中心（gene-centric）；应该回归至以细胞为中心（cell-centric）。
• ‘Clicked’ drugs: researchers prove the remarkable chemistry in humans | Nature Biotechnology：讨论了点击化学在生物医学中的应用前景。
• To share is to be a scientist | Nature Methods：讨论了生物医学数据共享的现状和展望。
• Biologists create detailed lab replicas of early human embryos | Science | AAAS：发育生物学家Magdalena Zernicka-Goetz等人共4个团队完成了多种人干细胞发育为替代胚胎（≤14d）的研究工作，极大地促进人类胚胎发育研究——此前该阶段很难研究。
• Why gene therapies must go virus-free | Nature Biotechnology：讨论了基因治疗病毒载体的局限性，比如 4.7 千碱基包装容量、组织选择性差、肝毒性、免疫原性、无法重复给药，还讨论了几种无病毒技术，比如基于人蛋白的蛋白-纳米系统、脂质纳米颗粒等。
• Nine lives | Science：介绍了和猫咪有关的书——《The Cat’s Meow: How Cats Evolved From the Savanna to Your Sofa》。
• Research software engineering accelerates the translation of biomedical research for health | Nature Medicine：讨论了研究软件工程（Research software engineering）和计算机科学在促进生物医学转化的重要作用，还提到了研究数据的FAIR原则，还提及了 Chan Zuckerberg cell-by-gene、Human Developmental Cell Atlas和Cambridge Cell Atlas等单细胞组学库。
• Researchers and regulators plan for a future without lab animals | Nature Medicine：我之前就想有没有这种可能性。但没想到大佬们比我激进得多，已经成为一个被FDA考虑的公开发表的观点了！
• Emerging frontiers in regenerative medicine | Science：讨论了再生医学的基础和临床进展。

• Widely used chemical strongly linked to Parkinson’s disease | Science | AAAS：讨论了一项提示溶剂三氯乙烯 (trichloroethylene, TCE)与帕金森病的密切关系的研究。
• Failed cancer therapy revived as powerful tumor killer when combined with newer drugs | Science | AAAS：讨论了ICI联合抗血管治疗对控制肝细胞癌的疗效。
• Privacy concerns sparked by human DNA accidentally collected in studies of other species | Science | AAAS：讨论了人类活动残留的DNA可能造成隐私问题。另外一个讨论也是类似，即无管制的DNA序列的暴露可能会助长生物恐怖主义。
• Oxaliplatin in Adjuvant Colorectal Cancer: Is There a Role in Older Patients? | Journal of Clinical Oncology：基于数个随机前瞻性研究的meta-analysis表明了基于奥沙利铂的化疗对III期或以上的老年（≥70岁）术后结直肠癌患者无显著获利。
• Food as medicine: translating the evidence | Nature Medicine：讨论了饮食干预促进心脏代谢性疾病（比如II型糖尿病）康复的重要影响。
• Don’t Fear the Terminator – Scientific American Blog Network：人工智能大佬Yann LeCun等人2019年的博客中表达了一个关于AI的核心观点——智能是实现目的的手段，而不是目的本身。在人工智能中，智能和生存是分离的，因此智能可以服务于我们为它设定的任何目标。支配欲望往往与智能并不相关，这在许多动物和人类中也是如此。
• Strengthening the scientific record | Science：讨论了技术发展对研究数据的影响。关注点：研究数据的FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) 原则；研究数据存储的非盈利机构Dryad。
• Targeting the undruggable | Science：讨论了靶向CIN肿瘤的一些问题和进展，还提到相关的初创公司Volastra Therapeutics。本文提供了分子生物学基础研究向临床转化的基本范式。
• Data sharing in the age of deep learning | Nature Biotechnology：深度学习时代数据共享的一些问题，涉及联合学习、分析偏倚、数据隐私与梯度反转攻击等。
• Biology Breakthroughs of 2022 – by Niko McCarty – Codon：记录2022年生物学领域重要研究进展的一篇博客，包括合成细胞、碱基编辑、噬菌体传播病毒、血友病基因疗法、合成胚胎、细胞重编程、异种移植和疟疾终结等研究领域。
• Personalized medicine is having its day | Nature Biotechnology：从反义寡核苷酸（antisense oligonucleotide，ASO）的发展谈个体化医疗。

• Earth at higher risk of big asteroid strike, satellite data suggest | Science | AAAS： 小行星撞击地球的风险似乎比预期要高得多。一般认为，每60至70万年，一颗 1 公里宽或更大的小行星或彗星会撞击地球。但最新的基于陨石坑的研究表明，仅在过去的一百万年里，已经有至少4个公里级物体撞击了地球。
• Ancient DNA as a tool for medical research | Nature Medicine：讨论了古基因组学（Paleogenomics）的快速发展是如何助力医学研究的，比如免疫失调、病原体适应。
• Paul Berg (1926–2023) | Science：简单叙述了生物化学家Paul Berg的一生，其主要成就是发明重组DNA技术。
• (～￣▽￣)～ A common cancer at an uncommon age | Science：讨论了早发性结直肠癌 (Early-onset colorectal cancer，EOCRC)所引发的临床医学、基础医学和社会学问题。该讨论还提及了EOCRC的“出生队列”效应（“birth cohort” effect）。

• Identifying animal viruses in humans | Science：讨论了人畜共患病相关病毒的识别。
• In wake of gene-edited baby scandal, China sets new ethics rules for human studies | Science | AAAS：讨论了中国在贺建奎基因编辑婴儿事件后的伦理审核进步。
• 讨论科学问题（Nature-Matters arising），比如关于多因素BWAS效能与样本量的问题: Multivariate BWAS can be replicable with moderate sample sizes | Nature和Reply to: Multivariate BWAS can be replicable with moderate sample sizes | Nature.
• Shoot the messenger: RNA editing is here | Nature Biotechnology：RNA编辑的临床应用，值得了解下。
• Xerox Parc’s Engineers on How They Invented the Future – IEEE Spectrum：介绍了美国施乐公司的帕洛阿尔托研究中心（PARC）在上个世纪六七十年代的兴起和衰落。这个研究中心诞生了许多划时代的技术，比如图形界面、以太网、激光打印机等等。
• 生命科普纪@独处的纳兰88-新浪微博：一个关于人类生命发展历程的科普视频合集。
• Christopher T. Walsh (1944–2023) | Science：可以学一下如何英文书写纪念某位人物。
• Sweat as a diagnostic biofluid | Science：汗液作为诊断性体液。
• As scientists explore AI-written text, journals hammer out policies | Science | AAAS：学术期刊应对生成式AI的相关政策。
• Decoding foreign antigen tolerance | Science：提及了自然情况下的免疫耐受（比如胎盘）研究的一些困境，比如动物模型不能很好地反映人类的情况；也提出了一些解决方案，以更好地研究肿瘤微环境。
• Generating ‘smarter’ biotechnology | Nature Biotechnology：讨论了生成式人工智能（Generative AI）如何辅助开发更加智能的生物技术，值得关注！
• (～￣▽￣)～ Lancet Oncology Commission on Cancer Omics and Precision Oncology：柳叶刀肿瘤学委员会关于加速医疗保健和研究中的癌症组学和精准肿瘤学的讨论。
• Global cancer: overcoming the narrative of despondency – The Lancet：从全球健康的角度分析非传染性疾病（non-communicable diseases，NCDs；比如癌症）护理的现状，包括地区差异性。
• The next generation of evidence-based medicine | Nature Medicine：讨论可穿戴设备、数字科学、机器学习等技术的综合进步如何促进循证医学。写得很好，值得学习！
• The Singapore National Precision Medicine Strategy：很高兴看到有类似“新加坡国家精准医疗计划”这样的针对亚裔的大规模组学政府计划。
• Health and cancer risks associated with low levels of alcohol consumption – The Lancet Public Health：关于低酒精摄入与人类健康的讨论
• Academia’s lost luster prompts exodus of health researchers to industry | Nature Medicine：描述了学术界人才流失的普遍现象。
• Students and postdocs deserve more | Science：讨论了美国年轻科研人员的待遇问题。
• Acquired Genomic Alterations From First-Line Anti-EGFR Chemotherapy in Advanced Colorectal Cancer: Improving Study Design and Data Analysis | Journal of Clinical Oncology：关于临床研究质疑的一篇范文
• Challenging the high-dose paradigm for cancer drugs (nature.com)：关于化疗maximum dose paradigm的挑战以及FDA的调整倾向。
• Rethinking premedical education：浅谈了美国临床学制面临的问题。
• Researchers push preprint reviews to improve scientific communications | Science | AAAS：讨论了预印本和同行评议的一些优劣。契机是elife的大动作。
• 11 clinical trials that will shape medicine in 2023 | Nature Medicine: 对2023年有重要影响的11个临床试验。

实用工具

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• 人工智能AI网址导航 – 人工智能AI网址导航：一个AI工具的聚合网站。
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结语

好好学习，天天向上！请愉快地享受本博客吧 (ฅ´ω`ฅ)