一种有效的基于VPS和RSS的科研小白文献阅读策略
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日志

  • 2022-11-09:我之前推荐那款VPS已经断货(估计是RackNerd卖它相对比较亏)。如果真的想玩VPS、建个人博客的话,还是推荐早早入手。我这里有一些推荐,可按需求购买不同类型的VPS。

前言

科研工作人员都有很强的文献阅读的需求。及时了解他人的工作对于开拓研究视野、研究思路是很有帮助的。对于刚刚进入科研领域的新人小白,为了快速了解行业的基础和进展,除了阅读本专业的经典书籍、经典论文,追踪领域内的新进展更是必不可少的。对于“如何快速提升个人研究水平”这类问题,绝大多数科研前辈的建议都会囊括“多读文献”这一条;但是具体请教到某位老师的时候,大家的策略和方法都不尽相同,颇有“八仙过海,各显神通”之感。我也不止一次地扪心自问:对于研究者而言,应该如何高效地进行文献阅读呢?由于某些契机,最近我找到了一些相当不错的策略和切实可行的方法。本文的内容与我其它博文会有不少重叠之处,这里主要是重新整理思路,让这个问题的答案更加清晰。

事情要从2022年4月份说起。当时由于某些诱因,我想搞一个WordPress博客记录生活和学习,所以就买一个VPS捣鼓了一下,在这个过程中积累了一些管理Linux/Docker和网站运营的经验。某天我偶然发现自己的博客有一个feed链接,好奇心驱使之下了解一波,就发现了RSS这个追更神器。一般情况下,小伙伴们会利用RSS追更一些奇奇怪怪的东西(比如动漫、番剧、电影、豆瓣小组评论);不过,我意识到RSS在文献阅读方面有得天独厚的优势。很快啊,我又双叕发现PubMed(生物医学研究的必备数据库)支持通过检索式产生个性化RSS链接,到这里技术路线基本已经明确。我制定了一些方案,测试了两个月左右,感觉帮助很大,所以推荐给大家(主要是科研小白,大佬估计都知道)!

原则

在正式说明方法之前,确立基本原则是很重要的,毕竟每个人的偏好可能都不一样,但应该会有类似的追求。根据经验,一个好的文献阅读方案应该有以下特点:

  • 被动式推送:基于RSS或者类似RSS(比如邮件服务)的推送式阅读。如此则不需要花费许多精力在寻找目标文献上。

  • 方便检索与归档:当文献积累量较大时很重要。比如,如果你要找某一篇自己很久以前看过的文献,只要它曾经被记录,就可以很方便地用搜索引擎(基于Web)找出来。

  • 社区互动:看文献的笔记是可公开性的,可与他人交流。当然也可以选择私密。

只要你的流程遵守这3个基本原则,那么文献阅读促进你成长的过程就是稳定的、长期的、可拓展性的、螺旋上升式的。下面提到的方法也是基于这3个原则的,主要是起抛砖引玉的作用;你要折腾和尝试一下,才能最终找到最适合自己的方案。

方法

如图所示,这个文献阅读的方法框架是我半年来的经验总结。图中的元素互相联系,并不是完全孤立的。咱们一个个地说!

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Markdown

如果你是搞计算机科学或者编程,这一小节都可以不用看了,懂的都懂。对于其它专业的人而言还是有必要介绍一下。关于Markdown,我在《Linux基础 学习Linux前要准备什么》、《Typora 地表最强Markdown编辑器之一》这两篇博文均有较详细的介绍。简而言之,Markdown是一个可以在半小时内入门的编程语言,有众多免费/付费的编辑器可供选择。Markdown最重要的特点就是专注内容而不是格式,所以它在程序员群体中被广泛使用(代码块的可视化往往依赖较为复杂的高亮规则),也被Github等网站采用为技术文档的主要文本格式。专注内容而非格式的特点天然地适合于记录笔记,因为维护文献阅读笔记版式的时间性价比很高,作者可以将大部分精力放在内容创作上,所以Markdown的笔记往往结构严谨,可读性强。我博客里所有的文章都是基于Markdown的(详见《WordPress上传或更新Markdown的最佳实践》),排版错落有致,规整简洁。

文献阅读笔记的具体案例可以在《学习地图》中看我的“前沿快讯/文献精读”系列。比如在《前沿快讯 第1期 睡眠与肿瘤转移等》,我会简单记录某条文献的标题(包含链接)、杂志、中文摘要(在机器翻译的基础上微调),并粗略地进行分类。这样就描述了该文献的基本特征,日后复习、溯源都很方便:

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看文献时怎么记笔记其实没有什么硬性规定。因为我给自己看的同时也给其它人看的(毕竟是发表在博客上),所以记录得详细些。一般来说,看普通的文献可以简单点,比如写一个描述性标题、一个全文标题、一点评论足矣;对于一些比较重要的文献你可以记多点。看着舒服、方便回顾即可,随便写点什么。对于很重要的文献,你还可以做一些类似于“文献精读”的练习(比如《文献精读 第2期 靶向cGAS-STING-IL6治疗CIN肿瘤》这种),虽然费时费劲,但收获也大。对于那些结构比较复杂的论文,这种笔记也方便反复咀嚼。更重要的是,博客上的笔记其它人可以看到,热心的观众会帮你纠正错误的(前提是有人看,哈哈)。

复习文献的时候可以快速浏览,效果还是不错的:

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检索也很方便,在浏览器中直接Ctrl + f调用浏览器的搜索框,检索速度贼快。普通的Markdown编辑器也有类似的功能的:

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总之,Markdown是一种很适合记笔记的编程语言,文献阅读笔记也不例外。我目前所有的笔记都是用Markdown记录的。Markdown用得足够久,自然会体会到它的好处!值得一提的是,有很多出名的知识管理系统(比如Notion),写作体验和Markdown是很相似的,或许是部分地借鉴了它的思想。所以,学会Markdown对迁移到其它主流笔记平台也会毫无压力。我认为,Markdown可以作为一个基础工具外在地体现你的知识和经验

基础知识框架

基础知识框架是非常重要的。因为我们讨论问题时,都是在某些既定事实和范式内进行讨论。这种既定事实和范式根据你所在的领域不同而不同。不过基本方法是相似的,就是读经典,阅读经典教科书、经典文献或经典项目的代码。每个领域都会有大牛,肯定有写教科书的人。问一下导师、师兄/姐、同事,结合Google知乎百度,整理出一份高质量的书单,将它们的PDF版都搞到手,有空就翻读,甚至是系统性地阅读。时间一久,自然就可以构建出该领域的基础知识框架了。基础知识框架还是很重要的,这样你看到该领域内的一个全新的研究时,就可以大致知道它的研究框架并判断它的重要程度,而不是一脸懵。多读多看。记笔记可以用Markdown。

VPS

不接触编程的小伙伴可能都不知道VPS是啥。VPS, 全称virtual private server,虚拟专用服务器。一般来说,VPS是搭载着Linux系统的、可远程控制的电脑,一般通过ssh后台进行管理:

MobaXterm1_CHS_EsCF3VtI0f

你可以认为VPS是一种通用工具,可以用来搭建视频平台、笔记平台、画板和其它奇奇怪怪的网络应用(基于Docker)。在文献阅读里,VPS的作用就是搭建一系列文献阅读的辅助工具,比如图床、RSS阅读器、个人博客、资料备份平台等。你可以将VPS看作一部手机,可以装各种功能的APP。一般来说,VPS是一种付费资源(甲骨文大盘鸡按下不表),资费水平可以参考我用的VPS

3x vCPU Core
45 GB SSD Cached RAID-10 Storage
3 GB RAM
6500GB Monthly Premium Bandwidth
1Gbps Public Network Port
Full Root Admin Access
1 Dedicated IPv4 Address
KVM / SolusVM Control Panel - Reboot, Reinstall, Manage rDNS, & much more
LOCATION: Los Angeles
JUST $24.28/YEAR or $47.06/2 YEARS

据我所知,我用的VPS在大品牌里算是性价比很高的了。有了VPS和一个域名,你可以搭建下面这些应用:

  • 图床:以Chevereto图床为例。用于承载Markdown的图片。

    chrome_6OnArAsLsA

  • 个人博客:以WordPress个人博客为例。用于公开和管理笔记。

    chrome_3Ui00Emh4i

  • RSS阅读器:以Tiny Tiny RSS阅读器为例。用于接收RSS订阅(甚至还可以使用过滤器预定义标签)。

    chrome_rAp33v0M7g

  • 资料备份平台:以Duplicati为例。用于备份图床、博客和RSS阅读器。

    chrome_5zmRr67fRK

上面所提到的应用我都在博客的《学习地图》里介绍过安装和使用之法,可按需食用。值得注意的是,这只是我自己的方案,你应该根据自身的实际情况进行配置。比如,RSS阅读器就有各种软件可选;博客对于某些人而言可能也是不需要的;图床可以白嫖Github;资料备份可能每个人都有自己的方案。我之所以将这些东西都放在VPS里,主要原因是:

  • 不贵。看你买什么VPS吧。能嫖到甲骨文都不用钱,有个域名就能玩。不过稳定的话还是要自己搞一个,比如像我用的这个。硬盘容量最好在20G以上,内存最好在1G以上。而且还能玩别的东西,这只是冰山一角:

chrome_qIwzNP6lJX

  • 我的数据我作主。只要我还给VPS和域名续费,整个平台就不会停运,近乎终身,自然不存在数据丢失的问题;所用的软件都是开源免费的软件,你完全可以看心情更新迭代,完全不用担心兼容问题。你如果用的是某公司的产品,用的时候挺爽的;如果以后它停运了怎么办(类似新浪博客那种)?迁移海量数据的过程,想想都头皮发麻。更恶心的是,你可能完全无法要回自己的数据(360云盘停运时的痛相信不少人还有印象)。
  • 安装过程不难,有点Linux和Docker的基础即可。可能小白听到Linux有点恐慌。我以一个非编程专业出身的过来人的角度告诉你,普通素质完全可以hold住简单的Linux/Docker基础。据我所知,很多初中生、高中生玩编程都玩得很溜。需要看文献的同学一般都是研究生了,完全不用担心智商不够用,关键是要用心学,很快就可以入门。精通就是另外一回事了,这个往往是困难的。
  • 拓展性和成长性一入VPS深似海。有很多有趣的东西等着你去发现,这其中的价值远不局限于文献阅读带来的好处。比如,掌握一些解决不熟悉问题的能力。自己体会。

差不多就是这些。总之你知道VPS是个好东西就足够了!如果你真的想要玩一玩VPS,推荐还是看看我的“Linux基础”教程。它不是专业教程,偏小白向;但对于一般玩家而言已经够用了。所有的文章都通俗易懂,可操作性强:

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还要什么自行车啊?!

easySCI

easySCI是我最近做的一个小项目,不是谦虚,是真的小!有用就行,哈哈!每年1更,主要是通过一些筛选指标获得目标期刊,然后根据影响因子(你懂的)分层,得到ISSN号。ISSN可生成PubMed使用的检索式;然后结合某个领域的关键词,就可以生成我们关注领域的RSS链接。项目的具体情况可参考Github Repo, 国内小伙伴也可以看这里:Gitee Repo。有类似功能的工具有很多,比如ScholarScope等,大家也可以了解下。在easySCI中,我主要是将期刊的PubMed检索式和期刊-关键词的RSS链接搞定,省得每个人都要走一次重复流程。结合Tiny Tiny RSS阅读器,大致的效果是这样的:

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从GIF图中可以看到,每个链接都是动态更新的;链接背后有新内容,马上会推送过来。RSS的这个特征非常适合定期地、有仪式感地阅读文献。有空就1天1看,没空就每周1看,永远不怕看漏;心情不好不想看文献的话,直接Mask all read!当然不建议经常这样做,哈哈!另外,采用类似的策略,你可以定制任何你想看的某几本期刊(比如CNS和你专业里的顶刊)、或者某几个大牛的文章。总之,RSS用来追踪最新文献就是爽,在我心目中应该是排名第一的方法了!

目前暂时只支持生物医学领域。其它领域也是类似的,有需要的同学可以提issue,有空的话我可以帮忙制作一下RSS链接,也不麻烦。至于某些专业主要是投会议或者是投国内核心的,这个我没啥特别的经验,还是请教你们的导师和师兄师姐吧。另外,估计他们对于追踪文献也有一些妙招,不妨向他们请教;再Google知乎百度一下,最后总可以找到一套适合自己的方法。祝你顺利!

附:下图展示的是RSS对Nature杂志研究的实时追踪(每15分钟爬1次)

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小结

这篇文章对新手小白可能有一定的参考价值,对于老司机来说就不一定了。值得注意的是,这篇文章介绍的其实是日常的文献积累。如果说要从这些文献积累中获得研究思路和灵感,可能要经常复习文献,和同行交流,慢慢就有思路了——这个估计也没有什么特别的技巧。多多思考,厚积薄发。大家有什么建议可以向我反馈,我也学习一下。希望大家都顺顺利利,发大paper!冲这个祝福,求个点赞收藏不过分吧?!

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(来源:香香软软的小泡芙)

扩展阅读

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评论

  1. Windows Chrome 110.0.0.0
    1 年前
    2023-3-14 18:23:54

    博主您好,我觉得easySCI不错想尝试一下,想请教一下怎么使用呢?没看明白ヾ(≧∇≦*)ゝ没看到有RSS订阅链接,那个Rmd; HTML没看明白应该如何使用

    • 博主
      panda
      Windows Edge 110.0.1587.69
      1 年前
      2023-3-15 10:43:23

      easySCI中提供的OPML格式可以直接导入某个RSS阅读器。它是一种RSS订阅链接批量导入和管理的快捷方式。而RSS链接是单个链接,直接在RSS阅读器中订阅即可。easySCI是为RSS用户打造的。如果您不准备使用RSS,可能它并不适合您 。 如图:

      查看图片
      msedge_aOnAK5sILu

      • Bensz
        Windows Chrome 111.0.0.0
        1 年前
        2023-3-15 17:57:55

        感谢博主回答,那个OPML已经导入成功了
        我是前几天用nas搭建了ttrss和freshrss,现在研究ing。想请教下,为啥有的rss只能显示摘要?ttrss的mercury_fulltext显示无法获取本文的全文,而freshrss的Readable扩展加入Mercury没有任何效果

      • 博主
        panda
        Windows Edge 110.0.1587.69
        1 年前
        2023-3-15 18:01:42

        CNS的RSS链接是特制的,可能部分是看得到全文的,但有的没有。除了CNS三大主刊外,其它RSS都是基于PubMed数据库,所以只有摘要。一般来说,泛读只是看看题目和摘要,不需要看全文。如果你对某个研究特别感兴趣,可以通过SCI-HUB、小木虫文献求助等平台下载全文。

      • Bensz
        Windows Chrome 111.0.0.0
        1 年前
        2023-3-15 18:13:34

        好吧,感谢,估计是rss链接本来就是这样配置的,我订阅的几个博客里面也有一些只显示摘要的,看来这些博客和文献没有办法整合了(ó﹏ò。)

      • 博主
        panda
        Windows Edge 110.0.1587.69
        1 年前
        2023-3-15 18:15:15

        我对所谓的全文并不怎么在意,因为看摘要都看不完 (ฅ´ω`ฅ)

      • Bensz
        Windows Chrome 111.0.0.0
        1 年前
        2023-3-15 18:17:51

        哈哈哈哈哈哈,真实

    • 博主
      panda
      Windows Edge 110.0.1587.69
      1 年前
      2023-3-15 10:44:11

      Rmd/HTML主要是介绍我是如何进行SCI杂志筛选和分类(基于R语言)。

    • 博主
      panda
      Windows Edge 110.0.1587.69
      1 年前
      2023-3-15 10:46:47

      如果您对RSS不甚了解,可以查看《学习地图》中的“RSS”小节进一步了解。希望对您有帮助噢 (ฅ´ω`ฅ)

  2. sophimp
    Android Chrome 105.0.0.0
    2 年前
    2022-9-24 12:09:27

    优秀,respect

    • 博主
      sophimp
      Windows Chrome 105.0.0.0
      2 年前
      2022-9-24 12:10:24

      谢谢鼓励,多多交流喔!有需要可以加telegram讨论哈!https://t.me/benszhub

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