日志

• 2022-11-09：我之前推荐那款VPS已经断货（估计是RackNerd卖它相对比较亏）。如果真的想玩VPS、建个人博客的话，还是推荐早早入手。我这里有一些推荐，可按需求购买不同类型的VPS。

前言

科研工作人员都有很强的文献阅读的需求。及时了解他人的工作对于开拓研究视野、研究思路是很有帮助的。对于刚刚进入科研领域的新人小白，为了快速了解行业的基础和进展，除了阅读本专业的经典书籍、经典论文，追踪领域内的新进展更是必不可少的。对于“如何快速提升个人研究水平”这类问题，绝大多数科研前辈的建议都会囊括“多读文献”这一条；但是具体请教到某位老师的时候，大家的策略和方法都不尽相同，颇有“八仙过海，各显神通”之感。我也不止一次地扪心自问：对于研究者而言，应该如何高效地进行文献阅读呢？由于某些契机，最近我找到了一些相当不错的策略和切实可行的方法。本文的内容与我其它博文会有不少重叠之处，这里主要是重新整理思路，让这个问题的答案更加清晰。

事情要从2022年4月份说起。当时由于某些诱因，我想搞一个WordPress博客记录生活和学习，所以就买一个VPS捣鼓了一下，在这个过程中积累了一些管理Linux/Docker和网站运营的经验。某天我偶然发现自己的博客有一个feed链接，好奇心驱使之下了解一波，就发现了RSS这个追更神器。一般情况下，小伙伴们会利用RSS追更一些奇奇怪怪的东西（比如动漫、番剧、电影、豆瓣小组评论）；不过，我意识到RSS在文献阅读方面有得天独厚的优势。很快啊，我又双叕发现PubMed（生物医学研究的必备数据库）支持通过检索式产生个性化RSS链接，到这里技术路线基本已经明确。我制定了一些方案，测试了两个月左右，感觉帮助很大，所以推荐给大家（主要是科研小白，大佬估计都知道）！

原则

在正式说明方法之前，确立基本原则是很重要的，毕竟每个人的偏好可能都不一样，但应该会有类似的追求。根据经验，一个好的文献阅读方案应该有以下特点：

• 被动式推送：基于RSS或者类似RSS（比如邮件服务）的推送式阅读。如此则不需要花费许多精力在寻找目标文献上。

• 方便检索与归档：当文献积累量较大时很重要。比如，如果你要找某一篇自己很久以前看过的文献，只要它曾经被记录，就可以很方便地用搜索引擎（基于Web）找出来。

• 社区互动：看文献的笔记是可公开性的，可与他人交流。当然也可以选择私密。

只要你的流程遵守这3个基本原则，那么文献阅读促进你成长的过程就是稳定的、长期的、可拓展性的、螺旋上升式的。下面提到的方法也是基于这3个原则的，主要是起抛砖引玉的作用；你要折腾和尝试一下，才能最终找到最适合自己的方案。

方法

如图所示，这个文献阅读的方法框架是我半年来的经验总结。图中的元素互相联系，并不是完全孤立的。咱们一个个地说！

Markdown

如果你是搞计算机科学或者编程，这一小节都可以不用看了，懂的都懂。对于其它专业的人而言还是有必要介绍一下。关于Markdown，我在《Linux基础 学习Linux前要准备什么》、《Typora 地表最强Markdown编辑器之一》这两篇博文均有较详细的介绍。简而言之，Markdown是一个可以在半小时内入门的编程语言，有众多免费/付费的编辑器可供选择。Markdown最重要的特点就是专注内容而不是格式，所以它在程序员群体中被广泛使用（代码块的可视化往往依赖较为复杂的高亮规则），也被Github等网站采用为技术文档的主要文本格式。专注内容而非格式的特点天然地适合于记录笔记，因为维护文献阅读笔记版式的时间性价比很高，作者可以将大部分精力放在内容创作上，所以Markdown的笔记往往结构严谨，可读性强。我博客里所有的文章都是基于Markdown的（详见《WordPress上传或更新Markdown的最佳实践》），排版错落有致，规整简洁。

文献阅读笔记的具体案例可以在《学习地图》中看我的“前沿快讯/文献精读”系列。比如在《前沿快讯 第1期 睡眠与肿瘤转移等》，我会简单记录某条文献的标题（包含链接）、杂志、中文摘要（在机器翻译的基础上微调），并粗略地进行分类。这样就描述了该文献的基本特征，日后复习、溯源都很方便：

看文献时怎么记笔记其实没有什么硬性规定。因为我给自己看的同时也给其它人看的（毕竟是发表在博客上），所以记录得详细些。一般来说，看普通的文献可以简单点，比如写一个描述性标题、一个全文标题、一点评论足矣；对于一些比较重要的文献你可以记多点。看着舒服、方便回顾即可，随便写点什么。对于很重要的文献，你还可以做一些类似于“文献精读”的练习（比如《文献精读 第2期 靶向cGAS-STING-IL6治疗CIN肿瘤》这种），虽然费时费劲，但收获也大。对于那些结构比较复杂的论文，这种笔记也方便反复咀嚼。更重要的是，博客上的笔记其它人可以看到，热心的观众会帮你纠正错误的（前提是有人看，哈哈）。

复习文献的时候可以快速浏览，效果还是不错的：

检索也很方便，在浏览器中直接Ctrl + f调用浏览器的搜索框，检索速度贼快。普通的Markdown编辑器也有类似的功能的：

总之，Markdown是一种很适合记笔记的编程语言，文献阅读笔记也不例外。我目前所有的笔记都是用Markdown记录的。Markdown用得足够久，自然会体会到它的好处！值得一提的是，有很多出名的知识管理系统（比如Notion），写作体验和Markdown是很相似的，或许是部分地借鉴了它的思想。所以，学会Markdown对迁移到其它主流笔记平台也会毫无压力。我认为，Markdown可以作为一个基础工具外在地体现你的知识和经验。

基础知识框架

基础知识框架是非常重要的。因为我们讨论问题时，都是在某些既定事实和范式内进行讨论。这种既定事实和范式根据你所在的领域不同而不同。不过基本方法是相似的，就是读经典，阅读经典教科书、经典文献或经典项目的代码。每个领域都会有大牛，肯定有写教科书的人。问一下导师、师兄/姐、同事，结合Google知乎百度，整理出一份高质量的书单，将它们的PDF版都搞到手，有空就翻读，甚至是系统性地阅读。时间一久，自然就可以构建出该领域的基础知识框架了。基础知识框架还是很重要的，这样你看到该领域内的一个全新的研究时，就可以大致知道它的研究框架并判断它的重要程度，而不是一脸懵。多读多看。记笔记可以用Markdown。

VPS

不接触编程的小伙伴可能都不知道VPS是啥。VPS, 全称virtual private server，虚拟专用服务器。一般来说，VPS是搭载着Linux系统的、可远程控制的电脑，一般通过ssh后台进行管理：

你可以认为VPS是一种通用工具，可以用来搭建视频平台、笔记平台、画板和其它奇奇怪怪的网络应用（基于Docker）。在文献阅读里，VPS的作用就是搭建一系列文献阅读的辅助工具，比如图床、RSS阅读器、个人博客、资料备份平台等。你可以将VPS看作一部手机，可以装各种功能的APP。一般来说，VPS是一种付费资源（甲骨文大盘鸡按下不表），资费水平可以参考我用的VPS：

3x vCPU Core
45 GB SSD Cached RAID-10 Storage
3 GB RAM
6500GB Monthly Premium Bandwidth
1Gbps Public Network Port
Full Root Admin Access
1 Dedicated IPv4 Address
KVM / SolusVM Control Panel - Reboot, Reinstall, Manage rDNS, & much more
LOCATION: Los Angeles
JUST $24.28/YEAR or $47.06/2 YEARS

据我所知，我用的VPS在大品牌里算是性价比很高的了。有了VPS和一个域名，你可以搭建下面这些应用：

• 图床：以Chevereto图床为例。用于承载Markdown的图片。
  

  

• 个人博客：以WordPress个人博客为例。用于公开和管理笔记。
  

  

• RSS阅读器：以Tiny Tiny RSS阅读器为例。用于接收RSS订阅（甚至还可以使用过滤器和预定义标签）。
  

  

• 资料备份平台：以Duplicati为例。用于备份图床、博客和RSS阅读器。
  

  

上面所提到的应用我都在博客的《学习地图》里介绍过安装和使用之法，可按需食用。值得注意的是，这只是我自己的方案，你应该根据自身的实际情况进行配置。比如，RSS阅读器就有各种软件可选；博客对于某些人而言可能也是不需要的；图床可以白嫖Github；资料备份可能每个人都有自己的方案。我之所以将这些东西都放在VPS里，主要原因是：

• 不贵。看你买什么VPS吧。能嫖到甲骨文都不用钱，有个域名就能玩。不过稳定的话还是要自己搞一个，比如像我用的这个。硬盘容量最好在20G以上，内存最好在1G以上。而且还能玩别的东西，这只是冰山一角：

• 我的数据我作主。只要我还给VPS和域名续费，整个平台就不会停运，近乎终身，自然不存在数据丢失的问题；所用的软件都是开源免费的软件，你完全可以看心情更新迭代，完全不用担心兼容问题。你如果用的是某公司的产品，用的时候挺爽的；如果以后它停运了怎么办（类似新浪博客那种）？迁移海量数据的过程，想想都头皮发麻。更恶心的是，你可能完全无法要回自己的数据（360云盘停运时的痛相信不少人还有印象）。
• 安装过程不难，有点Linux和Docker的基础即可。可能小白听到Linux有点恐慌。我以一个非编程专业出身的过来人的角度告诉你，普通素质完全可以hold住简单的Linux/Docker基础。据我所知，很多初中生、高中生玩编程都玩得很溜。需要看文献的同学一般都是研究生了，完全不用担心智商不够用，关键是要用心学，很快就可以入门。精通就是另外一回事了，这个往往是困难的。
• 拓展性和成长性：一入VPS深似海。有很多有趣的东西等着你去发现，这其中的价值远不局限于文献阅读带来的好处。比如，掌握一些解决不熟悉问题的能力。自己体会。

差不多就是这些。总之你知道VPS是个好东西就足够了！如果你真的想要玩一玩VPS，推荐还是看看我的“Linux基础”教程。它不是专业教程，偏小白向；但对于一般玩家而言已经够用了。所有的文章都通俗易懂，可操作性强：

还要什么自行车啊？！

easySCI

easySCI是我最近做的一个小项目，不是谦虚，是真的小！有用就行，哈哈！每年1更，主要是通过一些筛选指标获得目标期刊，然后根据影响因子（你懂的）分层，得到ISSN号。ISSN可生成PubMed使用的检索式；然后结合某个领域的关键词，就可以生成我们关注领域的RSS链接。项目的具体情况可参考Github Repo, 国内小伙伴也可以看这里：Gitee Repo。有类似功能的工具有很多，比如ScholarScope等，大家也可以了解下。在easySCI中，我主要是将期刊的PubMed检索式和期刊-关键词的RSS链接搞定，省得每个人都要走一次重复流程。结合Tiny Tiny RSS阅读器，大致的效果是这样的：

从GIF图中可以看到，每个链接都是动态更新的；链接背后有新内容，马上会推送过来。RSS的这个特征非常适合定期地、有仪式感地阅读文献。有空就1天1看，没空就每周1看，永远不怕看漏；心情不好不想看文献的话，直接Mask all read！当然不建议经常这样做，哈哈！另外，采用类似的策略，你可以定制任何你想看的某几本期刊（比如CNS和你专业里的顶刊）、或者某几个大牛的文章。总之，RSS用来追踪最新文献就是爽，在我心目中应该是排名第一的方法了！

目前暂时只支持生物医学领域。其它领域也是类似的，有需要的同学可以提issue，有空的话我可以帮忙制作一下RSS链接，也不麻烦。至于某些专业主要是投会议或者是投国内核心的，这个我没啥特别的经验，还是请教你们的导师和师兄师姐吧。另外，估计他们对于追踪文献也有一些妙招，不妨向他们请教；再Google知乎百度一下，最后总可以找到一套适合自己的方法。祝你顺利！

附：下图展示的是RSS对Nature杂志研究的实时追踪（每15分钟爬1次）

小结

这篇文章对新手小白可能有一定的参考价值，对于老司机来说就不一定了。值得注意的是，这篇文章介绍的其实是日常的文献积累。如果说要从这些文献积累中获得研究思路和灵感，可能要经常复习文献，和同行交流，慢慢就有思路了——这个估计也没有什么特别的技巧。多多思考，厚积薄发。大家有什么建议可以向我反馈，我也学习一下。希望大家都顺顺利利，发大paper！冲这个祝福，求个点赞收藏不过分吧？！

(来源：香香软软的小泡芙)

扩展阅读

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